据不完全统计，日本公私散藏的敦煌文献大约在1000—2000号之间。[※注]然而日本藏品来源多途，收藏也很分散，而且不少贮于私立机构或个人藏家之手。

龙谷大学图书馆所藏敦煌遗书主要来源于大谷探险队第二、三次中国西部之行的收集品。大谷收集品中敦煌写经的第一个目录，即罗振玉从橘瑞超处抄得的《日本橘氏敦煌将来藏经目录》[※注]，该目著录汉文写本430件，也是橘氏所获敦煌写本未流散之前的原始记录。1984年，《关于龙谷大学图书馆藏大谷探险队带来敦煌古写经》[※注]对旧目《龙谷大学所藏敦煌古经现存目录》有所订正，其中著录了大谷收集品的37件，并增加了橘瑞超文书中的6件。荣新江指出这批藏品除却一般的写经外，尚有多件颇具研究和文物价值，如著名的陶弘景《本草集注》。他还介绍了藏品的三个主要来源：一为京都西本愿寺门主大谷光照移交保管（汉文写经37件）；二为大谷探险队出于研究需要捐赠；三为大谷探险队成员橘瑞超个人捐赠（汉文写经6件），此外，还有通过其他途径购买所得，总数有将近70件。[※注]

大阪杏雨书屋是日本武田科学振兴财团下属的一个古籍收藏机构，也是日本收藏敦煌遗书最多的单位。荣新江结合羽田亨所摄敦煌文书照片和《敦煌秘笈目录》等材料综合评析了李盛铎旧藏在日本的收藏状况。[※注]近年，随着《敦煌秘笈》[※注]目录和文书图版的陆续出版[※注]，学界已知这批文献的总数多达775号[※注]。究其来源，羽田亨购买的李盛铎旧藏430余件敦煌写本精品构成了杏雨书屋藏品的主体[※注]，此后，杏雨书屋又通过其他途径陆续增加收藏。郑阿财考察了《敦煌秘笈》的来源，指出在李盛铎之外，还有购自富冈谦藏、清野谦次、高楠顺次郎等人之旧藏，另外增补了对以往学界鲜有提及的廉泉、吴芝瑛夫妇旧藏和向燊旧藏的考察。[※注]这批遗书的内容包括宗教典籍、历日、四部典籍、官府文书、社会经济文书等多个门类。杏雨书屋的藏品公布以后，成为近年来中日敦煌学研究关注的热点。[※注]

东京国立博物馆藏有罗振玉旧藏敦煌本《刘子》残卷，荣新江对其内容和流散过程做了探讨。[※注]该馆还藏有一些敦煌写本和绢画，如《摩诃般若波罗蜜经》卷三十三高弼写本，系购自1926年东京古典籍见展观大入札会；一些绢画则来自与法国集美博物馆的馆际交换，原为伯希和携自敦煌的艺术品。[※注]

京都国立博物馆所藏敦煌遗书即所谓“守屋孝藏收集品”，包括72件写经，相当多的写经都有纪年题记，且多钤有李盛铎的藏书印。但这批藏品的真伪问题一直备受争议。[※注]

东京书道博物馆为中村不折创办，亦藏有一百多号敦煌写本。该馆藏品大多数是佛典，多出自王树枏旧藏，另外还有得自梁素文、何孝聪、孔宪廷、龚煦春等旧藏，以及在中国旅行的日本人的收集和收购。[※注]《敦煌遗书总目索引》散录一二《日本人中村不折所藏敦煌遗书目录》[※注]，共著录敦煌文献一百余号，有些一号为一个裱好的卷子或册叶，内有多种残经。荣新江据龙谷大学图书馆油印《书道博物馆所藏经卷文书目录》，对中村不折收藏品进行过细致调查，他指出除了敦煌写经外，该馆还收藏多种珍贵的古籍写本，如《老子道德经》、《抱朴子》、《郑注论语》（2件）、《南华真经》（2件）、《春秋左氏传》（3件）、《搜神记》、《三国志》（2件），具有重要的研究价值。[※注]

20世纪50年代，饶宗颐对京都有邻馆藏敦煌文献进行过考察，所撰《京都藤井氏有邻馆藏敦煌残卷纪略》[※注]对该馆的藏品、特点以及来历等做了详细介绍，并分类著录书札5件，牒状23件，宗教文献7件，歌赞4件，杂类2件。1991年，施萍婷对有邻馆藏品重新编目，共计著录60件，内容有佛经、公私文书、文学作品、胡语写经等，并指出有邻馆藏品主要为陆续收购的李盛铎、何彦昇等旧藏。[※注]对于该馆何彦昇旧藏的来源，学界尚有不同意见。陈国灿认为“有邻馆的何氏旧藏文书中属敦煌所出的，只在二十件左右”[※注]。荣新江则认为这些题有“何彦昇旧藏”标识的文书与英、俄所藏源自敦煌藏经洞经帙上揭出的文书是同组文书，据此可推测有邻馆的这组文书也来自敦煌藏经洞。[※注]

王三庆在《日本天理大学天理图书馆典藏之敦煌写卷》[※注]一文中对天理图书馆所藏17号敦煌写卷做了详细的著录，并述及这批藏卷的来源、内容以及学术价值。荣新江补正了王文著录的疏讹之处，认为藏品主要来自李盛铎、许承尧、张大千等旧藏，其中张大千旧藏构成了天理图书馆藏品的主体。[※注]这批遗书的主要内容是汉文佛典，还有藏文、回鹘文等佛教、道教经典，以及论语、诗经、开蒙要训、社司转帖、本草残卷等。[※注]除写本外，天理图书馆还藏有大谷探险队带回的敦煌纸本绘画“玄奘三藏像”，但入藏途径不明。[※注]

《敦煌遗书总目索引》散录一三《日本诸多私家所藏敦煌写经目录》[※注]著录了三井源右门卫所藏110号写经。施萍婷调查发现三井文库共藏有112件敦煌写经，并逐一注记名称、首尾题，说明纸数、尺寸、印鉴、纸背文字等，指出这批藏品主要来自北三井家的捐赠，多为张广建旧藏，其中不乏精良者。[※注]

《敦煌遗书总目索引》散录13《日本大谷大学图书馆所藏敦煌遗书目录》[※注]著录了大谷大学图书馆所藏北魏至唐写经34号。荣新江重新调查确定该馆藏品共38件，均为写经。其中《敦煌遗书总目索引》散录的34件是东本愿寺前法主句佛上人捐赠，其余3件来自句佛上人之弟、晚年任大谷大学校长的大谷莹诚的秃庵文库旧藏，还有1件是原大谷大学教授舟桥水哉的三舟文库旧藏。[※注]王三庆对照《大谷大学图书馆善本聚英》影印本为该馆所藏敦煌遗书重新编制了目录[※注]，可据此了解大谷大学藏品的具体内容[※注]。

宁乐美术馆藏2件3种敦煌写本。荣新江调查指出：一是《八相变》，据说原为吴昌硕旧藏，尾部钤有“木斋审定”印；二是《太公家教》和《王梵志诗》，前者存12行，后者存95行，两者前后连接贴于《金刚经》残卷上，但相接处的首尾均为残缺的中间部分，尾部钤有“德化李氏凡将阁珍藏”印，背面首部亦钤有“李盛铎印”[※注]，可知出自李盛铎旧藏。

王三庆著录了唐昭提寺所藏27件敦煌写经的起讫情况，并对其抄写时代做了简单的判定[※注]；施萍婷在王文的基础上增录了1件大业年间所写《大智度论》[※注]。法隆寺藏敦煌写经仅有1件，即《付法藏因缘传》。[※注]国立国会图书馆收藏48件敦煌写经，包括西夏文写经2件、藏文写经3件，据说主要得自滨田德海的旧藏[※注]，但其中有6件系赝品[※注]。大东急纪念文库藏14号敦煌文献，其中有1件为藏文写经。[※注]东京大学东洋文化研究所收藏11卷敦煌写经。[※注]九州大学文学部藏有5件敦煌文献[※注]，荣新江指出其中4件购自京都的田中三男[※注]，1件为倪玉桂三所赠。马德、冯继仁等介绍了九州大学文学部所藏敦煌遗书的内容和价值。[※注]王惠民介绍了白鹤美术馆所藏2件敦煌绢画：一为药师说法图，一为千手千眼观音像。[※注]余欣考察了御茶之水图书馆所藏的3件敦煌写经，分别为《妙法莲华经》《大般涅槃经》和《维摩诘经》，皆属成篑堂旧藏。[※注]日本国学院大学图书馆也藏有敦煌写本，已知有一件古注本《论语》。[※注]另外，药师寺、五岛美术馆等处，亦有一定数量的敦煌遗书。[※注]方广锠编《滨田德海收藏敦煌遗书》[※注]，共收录滨田德海后人所藏敦煌写经36件。这批敦煌遗书大部分是20世纪三四十年代在北京、天津等地购得，数量一百多件，其中一部分为李盛铎藏品。这批写经的时代跨度从6—10世纪，约500年，其中有6世纪南北朝写经3件，抄写精美，保存品相也较好，具有较高的文物价值。

总之，日本藏品虽然数量不小，但因收藏机构和个人过于分散，有的又秘不示人，所以虽经学术界多年考索，至今仍不能编制出一部完整的目录，只能大致估计有2000多号。

由于藏家众多，日本散藏敦煌文献的保存和修复亦很难全部了解。现知“大谷探险队共得到700余号敦煌遗书，其中300余号采用传统的装裱技术予以通卷托裱，接出护首、拖尾。装帧不可谓不考究。护首为黄底云龙织锦，引首为洒金纸，配以人造水晶轴头”。“但这种装裱对遗书原貌改变极大，包括纸张的厚度、尺幅、颜色，个别甚至有错乱次序及遮裱背面文字的情况。”[※注]这种保护办法问题很多，客观上造成了对原卷的损害，不宜提倡。