20世纪90年代，国外各种社会科学新思潮，包括新史学理论愈加层出不穷，给中国史学研究带来更加强劲的冲击力。社会史学、人类文化学、政治学研究理论和方法，以及全球史观、文明史观、世界体系论、现代化史观等新史观，与耗散结构论、协同论、突变论等“新三论”先后进入研究者的视野。总的看来，尽管继续受到各种新理论、新方法的挑战和冲击，对马克思主义史学理论和研究方法在中国史学界的主流地位，构成日益严重的挑战。老一代学者已近耄耋之年；第二代学者在离退休之前发挥学术积累的优势，埋头著述；第三代学者努力拼搏并崭露头角；新世纪的新生代尚在攻读博士学位，有机会通过联合培养方式，赴日留学并接受日本学者史学研究方法的指导。中国日本史研究者群体的各代学者各就其位，或作经验谈，或释放学术能量，或正在崛起，或在砥砺成才。然而，有关日本史的史学理论和研究方法的探讨却在渐行渐远，淡出人们的视线。依然像80年代一样，在中国日本史学界，未能出版任何一本中国学者专门研究日本史研究理论和方法论的相关著作。译著出版了一部，即沈仁安、林铁森等翻译坂本太郎著《日本的修史与史学》（北京大学出版社1991年版）。

与此同时，介绍国外社会科学理论的杂志日益活跃。其中，1992年3月，《史学理论》更名《史学理论研究》（季刊），继续为史学理论和方法论的探讨，提供重要的园地。自1997年起，由上海社会科学院信息研究所、上海市社会科学规划办公室编的年刊《国外社会科学前沿》（Latest Studies of Social Sciences of Foreign Countries），及时反映国外社会科学前沿学术动态，并对最新学术理论、研究方法和发展趋势，包括各国在马克思主义、哲学、政治、经济、社会、法律、文化、历史等领域出现的新思潮、新流派、新理论、新著作作出评介。[※注]

此外，中国史或世界史领域的理论著作陆续推出十多部，如庞卓恒等合著《历史学概论》（高等教育出版社1990年版）、主编《西方新史学述评》（高等教育出版社1992年版）和《唯物史观与历史科学》（高等教育出版社1999年版）、陈启能著《史学理论与历史研究》（团结出版社1993年版）、罗凤礼主编《现代西方史学思潮评析》（中央编译出版社1996年版）、何兆武著《历史理论与史学理论——近现代西方史学著作选》（商务印书馆1999年版）等著作，展现了中国学者研究马克思主义史学理论所达到的新水平。前代中国学者，如梁启超著《清代学术概论》（上海古籍出版社1998年版）等史学名著也再版发行。

整个90年代日本史研究遍地开花，成果积累的数量喜人。在日本通史方面，经过十余年的努力，吴廷璆先生主编的百万字的第一部大型日本通史《日本史》，1994年由南开大学出版社出版，展示了通史类著作的最高水平。从史学理论来说，这部著作按照五种社会经济形态划分日本历史的发展阶段，依旧沿用了传统的理论架构。当然，这不失为一种分期方法，并自成一家之言。同时，也表明在史分期的理论突破，尚待时日以继续作出新的探索。专题史研究成果，出版了数十部而不胜枚举，限于篇幅，不再列举。

其二，中国学者研究成果的学术水平赢得了晚来的承认。长期以来，中国的日本史研究水平不为国外，尤其是不为日本史学界所了解和承认。70年代日本史学界有的学者评价中国的日本史研究只相当于“中学水平”。至80年代初，上述观感依然如故。但随着时间的过去，以第二代学者为主体的中国日本史研究集群凭借唯物史观的理论素养，坚持中国学者的治学风格和研究立场，陆续推出学术成果。在举行学术讨论会或共同研究中，展现了应有的学术风采。尤其是中国学者的研究成果，如前述《东亚视野中的日本历史》在日本公开出版发行，促使日本学者逐渐改变了观感，感叹中国的日本史研究水平进展迅速。1993年，参加了中国日本史学会在天津社科院召开的国际学术讨论会的权威学者上田正昭回国后，在《朝日新闻》上撰文《最近中国日本史研究的动向不可轻视》，强调：“在这次学术讨论会上，中国学者屡次提出令人震惊的见解，他们指出的正是日本学者往往欠缺的研究视角和正在丧失的问题意识。”[※注]

在史学理论和研究方法上，以上著作均依据马克思史学理论，注重实证研究。究其因，一是唯物史观及其方法论经过老一代学者的言传身教，已深入人心，融入学术研究的过程之中；二是国际学术交流为中国学者提供了直接赴日搜集资料的机会，中国学者因史料缺乏而不得不注重理论分析的状况已经根本改观；三是在与日本学者的学术交往中，中国学者善于取彼之长，补己之短，资料和研究水平大幅度提高。

虽然仍然不见研究日本史学理论的成果推出，但老一代学者的教导言犹在耳。例如，周先生认为治史有两个方法。第一个方法是，西方人讲读书要“Read between the lines”，即功夫在字里行间，从书本身的字里行间中探寻历史的真相，才会有更深刻的体会。换言之，读史书，必认真读懂，从字里行间发现问题，这是史学研究者必备的能力。第二个方法源自洪偎莲（洪业）先生，即研究历史需要掌握五W：Who（何人）、When（何时）、Where（何处）、What（何事）、How（如何做）。周先生说，“新中国成立之后，我开始接触马克思主义的立场、观点、方法来研究历史。于是感到这五个W不够了。因为只有这五个方面，还不足以说明问题。所以我给同学谈学习历史的方法时，在介绍这五个W之后，补充说，还有一个最大的W，洪先生当年没有提到，这就是 Why——为什么”。周先生说，“只有对于历史事件、历史现象作出解释，说明它为什么如此，讲出一些带有规律性的东西，说出个道理，解答了为什么，才能算真正抓住了历史。”[※注]

作为90年代史学理论和方法论研究取得重要进展的一个标志，2000年，蒋大椿、陈启能邀集数十名学者，编辑了中国第一部《史学理论大辞典》（简称《大辞典》），由安徽教育出版社出了第一版。首先，在概念上，《大辞典》认为不宜将内涵上相互交融、重叠的包容历史理论与史学理论截然分开，提出“广义的史学理论”的概念，即“它包括了历史学自身作为理论考察对象的狭义史学理论的内容，也包括了对史学研究对象——人类客观历史发展过程作理论考察的部分内容，亦即史学理论的部分内容。这个‘部分’主要是指从宏观的角度对人类历史发展过程所作的理论考察及其成果”。[※注]其次，内容齐全，《大辞典》按照古今中外史学理论和方法论的概念和术语、史学理论家或与史学理论有关的历史学学者、反映史学理论研究成果的学术著作以及史学流派、机构、刊物、会议等四个方面编辑，力求囊括与史学理论有关的全部内容。再次，条目解释力求翔实。《大辞典》所列条目繁多，特别注重反映第二次世界大战后主流史学理论和方法论的条目解释。

《大辞典》的撰稿人汤重南以2万多字的篇幅，介绍了日本史学史、史观和流派，战后日本史学新流派等得到比较充分的阐释。例如，日本的“皇国”史观、民间史学、文明史学、文化史学、东亚史观、实证史学、社会经济史学、马克思主义史学、人民斗争史观、民众史观、民众思想史观、大塚史学、近代化论学派、社会史学派、计量经济史学派等史观学派及其研究方法，还评介了有代表性的日本史学家。

与此同时，90年代在日本史研究的理论和方法上，存在着的一些倾向性问题也值得关注：

其一，理论创新问题。沈仁安认为，在引进与创新方面，我国的日本史研究已经过20世纪五六十年代以引进苏联、日本学者的研究成果，以及七八十年代的吸收和消化，至80年代末和90年代初，进入创新阶段，在引进国外研究理论、方法的同时，日本通史、断代史、专题史以及多卷本《东亚视角中的日本历史》出版，产生了很大影响，“建立有中国特色又走向世界的日本研究的时代已经到来”。但是，在引进与创新的关系上，还存在着若干误解：例如，论文选题、观点和理论方法“只从国内角度看创新”，“但从国际上看，不过是国外某种理论方法观点的翻版，并无新意”；如“盲目轻信他人的结论”；再如，“创新似无是非之分”以及“引进不结合中国国情”等。结果，造成“没有自己的理论、方法、概念、术语，用的都是别人的”，自身反而“失语”现象。[※注]

其二，研究方法问题。改革开放、实施联合培养日本史研究生以来，不少硕士、博士研究生获得日本国际交流基金、文部科学省以及社会团体的资助，前往日本留学。年轻学子长期生活在日本，读研究生课程，接受日本教授的指导。耳濡目染之下，出国前本来就扎根不深的马克思主义史学理论逐渐淡忘，所学的知识、观点、理论和方法基本上来自日本的大学课堂和指导教师的言传身教，受其影响。这样，其理论立场和研究方法在不知不觉中逐渐发生变化，注重实证方法、关心人物和事件的演进过程，即研究对象“是什么”，较少思考“为什么”；或者埋头史料，无暇抬起头、挺起胸来想一想研究日本历史的目的和方向究竟在何方。此一现象具有阶段性的特点，无须急于简单地肯定或否定。肩负着中国日本史研究未来的新一代，经过赴日留学的一段时间后，会面对如何取人之长，为我所用并最终形成自身的研究理论和方法的问题，自然得出自己的结论。当然，青年学子在成长过程中出现的某种偏差，与他们的学术历练、经验的积累有关，属于发展过程中自然出现的问题。这与急功近利者，直译或照搬国外学者的理论观点和方法，拿来唬人乃至傲视国内公认的高水平成果，显然不是一回事。