进入20世纪90年代后，继续整理和出版了一些相关资料，其中通论性质的思想史资料集有：张岱年主编的“中国启蒙思想文库”（辽宁人民出版社1994—2000年版），共20 册，包括《尊隐——龚自珍集》《默觚——魏源集》《采西学议——冯桂芬、马建忠集》《使西纪程》《弢园文录外编》《新政真诠——何启胡礼垣集》《砭旧危言》《筹洋刍议——薛福成集》《盛世危言——郑观应集》《大同书——康有为》《强学——戊戌时论选》《论世变之亟——严复集》《新民说》《仁学——谭嗣同集》《民声——辛亥时论选》《新潮——民初时论选》《訄书》《建国方略》《猛回头——陈天华、邹容集》《睡的人醒了——朱执信集》，其中何启、胡礼垣的《新政真诠》是第一次点校和整理出版。黄克剑、吴小龙编纂的《当代新儒学八大家集》（群言出版社1993年版），每集均分三部分编纂：生平、思趣、人格、境界；撰述原委与措思线索；论著选粹，展现了现代新儒家学者梁漱溟、熊十力、张君劢、冯友兰、方东美、唐君毅、牟宗三、徐复观等人的思想。方克立、李锦全主编的《现代新儒家学案》（中国社会科学出版社1995年版），是一部研究现代新儒家的资料性著作。方克立主编的“现代新儒学论著辑要”丛书（中国广播电视出版社1995、1996年版），收录有《孔子学说的重光——梁漱溟新儒学论著辑要》《生命理想与文化类型——方东美新儒学论著辑要》《儒家传统的现代转化——杜维明新儒学论著辑要》《极高明而道中庸——冯友兰新儒学论著辑要》《儒家思想的新开展——贺麟新儒学论著辑要》《现代新儒学的根基——熊十力新儒学论著辑要》《儒家思想与现代化——刘述先新儒学论著辑要》《默然不说声如雷——马一浮新儒学论著辑要》《道德理想主义的重建——牟宗三新儒学论著辑要》《文化意识宇宙的探索——唐君毅新儒学论著辑要》《中国人文精神阐扬——徐复观新儒学论著辑要》《内在超越之路——余英时新儒学论著辑要》《精神自由与民族文化——张君劢徐复观新儒学论著辑要》。汤一介主编的“20世纪中国文化论著辑要”丛书（中国广播电视出版社1995、1999年版），主要有《国故新知论——学衡派文化论著辑要》《时代之波——战国策派文化论著辑要》《知识与文化——张东荪文化论著辑要》《知识与价值——成中英文化论著辑要》《走出东方——陈序经文化论著辑要》《超越心性——20世纪中国道教文化学术论集》《本色之探——20世纪中国基督教文化学术论集》《人间关怀——20世纪中国佛教文化学术论集》等。谢遐龄主编的“中国近现代思想家论道”丛书（上海远东出版社1995年版），收录有《国性与民德——梁启超文选》《民权与国权——孙中山文选》《向着新的理想社会——李大钊文选》《德赛二先生与社会主义——陈独秀文选》《文化融合与道德教化——蔡元培文选》《疑古与开新——胡适文选》等10种。丁守和主编的《中国近代启蒙思潮》（社会科学文献出版社1999年版），按时间顺序分为三卷，第一卷从1840年的鸦片战争前后到1915年《新青年》创刊之前，第二卷从《新青年》创刊到1923年底“科学与人生观论战”的基本结束，第三卷从1924年到1949年中华人民共和国成立。每卷之始，有该卷编者撰写的前言；每卷之中，按内容分为若干专题，每个专题之前有介绍本专题的说明文字。这是一部值得重视的研究近代启蒙思潮的资料性著作。此外，还有《中国思想史参考资料集》（晚清至民国卷）（清华大学出版社2005年版）、《中国社会思想史史料选辑》（广西出版社2007年版）、《中国思想史资料丛刊》（中华书局2009年版）等思想史资料集整理出版。

思想家个人的文集和全集也得到了大量的整理和出版，如《晏阳初文集》3卷（四川教育出版社1990年版）、《胡适文集》12卷（北京大学出版社1998年版）、《胡适书信集》3 卷（北京大学出版社1996年版）、《章士钊全集》10卷（文汇出版社2000年版）、《张澜文集》（四川教育出版社1991年版）、《瞿秋白全集》（人民出版社1985—2001年版）、《汤用彤全集》7卷（河北人民出版社2000年版）、《熊十力全集》10卷（湖北教育出版社2001年版）、《陈寅恪集》14 卷（三联书店2001年版）、《三松堂全集》14卷（河南人民出版社2001年版）、《林则徐全集》10卷（海峡文艺出版社2002年版）、《魏源全集》20 卷（岳麓书社2004年版）、《胡适全集》44卷（安徽教育出版社2004年版）、《傅斯年全集》7卷（湖南教育出版社2004年版）、《黄遵宪全集》2 卷（中华书局2005年版）、《梁漱溟全集》8卷（山东人民出版社1993、2005年版）、《李大钊全集》5卷（人民出版社2006年版）、《康有为全集》12卷（中国人民大学出版社2007年版）、《张之洞全集》12卷（武汉出版社2008年版）、《李鸿章全集》39卷（安徽教育出版社2008年版）、《宋教仁全集》（湖南人民出版社2008年版）、《丁文江文集》7卷（湖南教育出版社2008年版）、《王国维全集》20卷（浙江教育出版社2009年版）、《陈垣全集》23卷（安徽大学出版社2009年版）等。思想家的文集和全集是解读思想家思想的第一手资料。它们的出版给中国近代思想家的研究奠定了坚实的文献基础。

日记和年谱也是研究思想家思想的重要资料之一，90年代以来，尤其是21世纪以来，出版与近代思想家相关的日记主要有：《吴宓日记》（10册，三联书店1998年版）、《胡适日记》（8册，安徽人民出版社2001年版）、《薛福成日记》（2册，吉林文史出版社2004年版）、《黄炎培日记（1911—1949）》（10册，华文出版社2008年版）。在年谱方面，主要有鲁迅博物馆鲁迅研究室的《鲁迅年谱》（4 册，人民出版社2000年版），孙应祥的《严复年谱》（福建人民出版社2003年版），罗耀九、林平汉、周建昌的《严复年谱新编》（鹭江出版社2004年版），樊克政的《龚自珍年谱考略》（商务印书馆2004年版），袁英光等人的《王国维年谱长编》（天津人民出版社2005年版），夏东元的《郑观应年谱长编》（2册，上海交通大学出版社2009年版），朱文通的《李大钊年谱长编》（中国社会科学出版社2009年版），吴剑杰的《张之洞年谱长编》（2册，上海交通大学出版社2009年版），来新夏的《林则徐年谱长编》（上海交通大学出版社2011年版），等等。大量的日记和年谱的出版，为研究谱主提供了新的文献材料。

与从80年代的“文化热”到90年代的“国学热”的转变相适应，一些与学术史相关的资料在90年代后也得到了整理和出版。大型丛书有刘梦溪主编的“中国现代学术经典”（河北教育出版社1996年版），第一批收有：陈寅恪卷、章太炎卷、熊十力卷、廖平·蒙文通卷、太虚卷、唐君毅卷、萧公权卷、钱宾四卷、汤用彤卷、梁漱溟卷、胡适卷、李济卷、黄侃·刘师培卷、鲁迅·吴宓·吴梅·陈师曾卷、钱基博卷、杨文会·欧阳渐·吕澂卷、余嘉锡·杨树达卷、方东美卷、康有为卷、郭沫若卷、赵元任卷、金岳霖卷、冯友兰卷、顾颉刚卷、严复卷、傅斯年卷、王汝弼卷、陈垣卷、马一浮卷。“民国学术经典文库”（东方出版社1996年第1版，2012年重版），其中“思想史类”有郭沫若的《十批判书》、杨东莼的《中国学术史讲话》、梁启超的《先秦政治思想史》、顾颉刚的《汉代学术史略》、容肇祖的《魏晋的自然主义》、吕思勉的《理学纲要》、陈钟凡《两宋思想述评》、嵇文甫的《晚明思想史论》、梁启超的《清代学术概论》、梁启超的《中国近三百年学术史》等，另有“文学史类”和“历史类”多种。王元化主编的“近人学术述林”（浙江人民出版社1998年版），共12册，其中有《梁启超学术论著》《王国维学术论著》《章太炎学术论著》《刘师培学术论著》《陈序经学术论著》《胡朴安学术论著》《李石岑学术论著》《蔡元培学术论著》《陶鸿庆学术论著（读诸子札记）》《孟森学术论著》《鲁迅学术论著》《太虚学术论著》等。戴逸主编的《20世纪中华学案》（北京图书馆1999年版），共10册，大体按学科、学派、年代分卷，计有综合2卷、哲学4卷、史学2卷和文学2卷。每卷由导言、案主简介、论著选要三部分组成，论著选要按学术观点分类编排，功按论著类别编排，视案主情况而定，各卷不统一，但每卷大体一致。