学界普遍认为，以段祺瑞为首的皖系军阀，主要由三部分人组成，一是北洋出身的段派军事将领，二是安福系和安福国会官僚政客集团，三是财政支柱新交通系。单宝认为，皖系军阀集团“是以封建宗法的社会关系建立起来的军事政治集团”，“热衷于扩充军队和抢夺地盘”，“很善于玩弄政治手腕”，“主要投靠日本帝国主义”[※注]。黄征等人编著的《段祺瑞与皖系军阀》（河南人民出版社1990年版）一书，对皖系军阀的基本情况作了比较完整的介绍，而有关皖系军阀的专题研究则主要集中在以下几个方面：

1.皖系军阀的形成。学者对这个问题的看法各异。有的认为袁世凯1916年“洪宪”称帝失败后，北洋军阀即分裂为以段祺瑞为首的皖系和以冯国璋为首的直系两大军事集团。有的认为1917—1918年的冯、段之争，虽然具有造成分裂的派系冲突趋势，但从冯、段之争的全过程看，这种斗争仍属北洋军队体系分裂前，主要头目之间为争夺体系内首领地位而形成的界限不甚分明、组织不甚严密有序的派别之争。直、皖分庭抗礼实际开始于曹锟、吴佩孚时代，而不是北洋军队体系内派别力量的组合的直、皖系之争。[※注]而莫建来则从近代中国特定的社会历史背景、段祺瑞的个人因素以及清末民初各种势力之间的矛盾争斗三个方面，对皖系军阀的形成问题作了专门而较有深度的论述，揭示了皖系军阀的形成原因及其由胚胎而胎儿最终脱胎成为军阀派系势力的形成过程。[※注]周俊旗还对皖系军阀控制中央政权的主客观原因和过程及其政权特点进行了研究，认为皖系集团囊括了各种人才，控制了相当规模的军队和地盘，段祺瑞的个人因素，以及皖系在争夺中央政权中的有利的客观形势，使得皖系军阀集团在控制中央政权的竞争中“捷足先登”。尽管皖系集团对中央政权的控制力有限，“但北京政府毕竟以国家政权的面目出现，皖系因此可以享受中央政权的收入和国家政权的权威，影响中央政权的内外政策，使之对自己派系有利。皖系集团对外以国家法统的地位进行外交活动，争取了日本对自己的支持，对内找到各种借口发展自己的力量，这样，在发展自己的势力上优越于其他在野的派系”[※注]。

2.皖系军阀与日本的关系。学界比较一致的看法是：皖系军阀是日本一手扶植的亲日势力，其控制下的北京政府的对内对外政策完全服从于日本帝国主义的需要，使日本在中国攫取了大量政治上、经济上的侵略特权，故而支持皖系也一直是日本从寺内内阁直至原敬内阁一贯的对华方针。章伯锋从20世纪60年代便开始从事这一问题的研究，于内地改革开放后陆续发表了《皖系军阀与日本帝国主义的关系》（《历史研究》1982年第6期）、《直皖战争与日本》（《近代史研究》1987年第6期）等多篇颇有研究力度的论文，并于1988年推出专著《皖系军阀与日本》（四川人民出版社）一书，全面深入分析了皖系军阀统治时期的段、日关系，涉及了这一历史过程中的许多重大事件，以确凿的事实为依据，令人信服地指出：皖系军阀的统治，主要依靠日本帝国主义的支持和援助。皖系军阀不顾民生凋敝，连年对南方发动战争，其庞大的军政费用支出，主要依赖新交通系所经手的对日借款。段祺瑞为了换取日本的实力援助，只要给钱，给军火武器，什么国家主权、民族利益，都可以廉价拍卖，从铁路、矿山、工厂到各种税收，都成了段祺瑞以各种名目对日借款的抵押和担保，其卖国的本领，远远超过他的前辈袁世凯，在北洋军阀各派系中，也是非常突出的。此外，裴长洪还对日本寺内内阁的对华政策以及西原借款与中国军阀派系斗争的关系进行了深入研究，指出：“在第一次世界大战中，由于国际形势和日本国内经济力量的变化，日本统治阶级为了变本加厉地扩张在华政治、经济势力，一改传统的以军事恫吓、外交讹诈为主的对华策略，而代之以政治拉拢、经济渗透为主的对华策略。西原借款正是这种策略转变的产物。”“在政治上，寺内内阁的策略是，通过以西原借款为中心的各种借款，支持亲日的皖系段祺瑞军阀势力，提供大量军费让段用于武力统一西南，并在北洋军阀内部制造矛盾，拉一派，打一派。企图利用段祺瑞这个忠顺的政治工具，在中国排除其他非亲日的政治势力，从而达到在政治上单独控制中国政府的目的。”裴长洪还“就西原借款在日皖勾结中的这种作用，剖析1917—1918年前后中国军阀派系斗争与日本帝国主义对华侵略扩张的密切联系”。[※注]

3.皖系军阀重要成员的活动。首先一个当然是地位仅次于袁世凯的北洋军阀二号人物、皖系军阀头号人物段祺瑞。莫建来对段祺瑞在北洋建军时期的主要活动给予了较为客观的评价，认为就中国军制摆脱过去落后而陈旧的状态而言，段祺瑞在督练北洋新军、主持各类军事学堂和厘定、编译各种练兵章制、操法、兵书等三方面的“作用及其在北洋建军史上的地位，诚然应予肯定。但如就主要因军队的私有化所造成的民初政治的动荡和社会的阢陧不安而言，段祺瑞也实难辞其咎”[※注]。此外，他还考察了皖系军阀与研究系政客相互利用的结盟关系。对于段祺瑞反袁称帝时的评价，丁贤俊认为，尽管段祺瑞的共和观与革命党人并不完全一致，但他能冲破20年来与袁世凯结下的长僚关系和亲密私交，毅然反对“洪宪”帝制，对于一个在忠孝节义封建道德熏陶下成长起来的将领来说是难能可贵的。[※注]李开弟则认为，段祺瑞与袁世凯的不合作，绝非有“共和”的思想基础，不过是一个一贯为谋取私利而反复无常的政治投机分子。[※注]对于张勋复辟事件中的段祺瑞，胡晓认为总体上是“功远大于过，其粉碎复辟、捍卫民国的历史意义值得肯定和褒扬”。“其‘再造共和’的硕勋是当之无愧的。”但他“重掌北京政权后，针对南方阵营‘护法’旗帜下的北伐东进，出于维护北洋集团整体利益的考虑，对张勋复辟的善后处理是妥协的，不彻底的，对清室参与复辟的处置尤为姑息，这固然有现实政治和内外环境的因素，亦是其阶级立场和思想意识等所决定的”。[※注]对段祺瑞执政时期所积极推行的参战问题，以往的研究者多简单地归结为“府院之争”，而未能给予应有的重视；有论者对此做了专门研究并提出了新的看法，认为“中国对德绝交和宣战是有理有利的”[※注]，是顺应当时历史潮流、“出于现实和长远经济、政治利益”考虑而作出的“唯一必要的选择”[※注]。

关于段祺瑞推行“武力统一”政策的原因，周俊旗认为一是“统一天下”是中国历史长河中最博大的政治目标之一，二是当时皖系控制的中央政权生存的需要。在段祺瑞看来，南方有与北京政权对立的军政府，虽其势力在军事上弱于北方，但有相当的威胁力，加以南方六省幅员辽阔，物产丰富，人口众多，如不能及时控制这些地区，将后患无穷。[※注]关于段祺瑞未能在直皖战争中取胜的原因，王华斌认为，段祺瑞在政治上的孤立和军事上的失误，是其速败的两个重要原因。[※注]还有不少学者认为张作霖奉系军阀的参战助直也是重要原因。另有学者认为安福系才是皖系失败的真正祸首。“安福系代表皖系集团站在政治舞台的前沿，与直系集团展开了激烈的政治斗争，进一步激化了直皖两派之间的矛盾。同时安福系的罪恶行径又使得国人与直系集团把斗争的矛头直指皖系集团，从而加速了皖系败北的进程。”[※注]朱之江则认为“皖军失败的根本原因”固然在其“政治上的狂妄和反动，不过直接导致失败的则主要在于军事上的原因”[※注]。关于段祺瑞任职临时执政的主要原因，学界一般认为是当时政坛各种势力各种矛盾冲突调和的结果，但杨德才不同意这种仅从外部看问题的观点，认为主要是段祺瑞自身努力的结果。他从三方面论述了段祺瑞出山前的一系列幕后活动：一是捐弃前嫌，拉拢张作霖结成奉皖联盟；二是运动孙中山，建立反直三角同盟；三是想方设法策动冯玉祥倒直。[※注]

此外，还有学者对皖系军阀的二号人物徐树铮及其他重要成员展开研究。廖大伟、奚鹏彪撰文指出：“作为段祺瑞的心腹谋士，皖系的核心人物，徐树铮的所作所为与皖系的兴衰有着直接的极大的关联。从某种意义上说，皖系兴则在徐，败亦在徐。”[※注]刘兰昌就徐树铮的西北筹边举措与北洋政争的关系进行了分析。[※注]陈长河对曲同丰的研究投入了较多精力，发表多篇论文，论述了曲同丰的生平、实业活动以及他在直皖战争中被俘的真相。[※注]此外，他还对皖系军阀干将吴光新在直皖战争中的活动进行了较为深入的考察。[※注]来新夏等人自20世纪80年代初提出吴光新的籍贯为安徽合肥以后，学界对此深信不疑，但吴元康则确证其籍贯为江苏宿迁而非安徽合肥。[※注]与此同时，学界对倪嗣冲的研究也取得不少成果，苏全有指出：“这些成果大致可分为两类：一、现代化范式制约下的相关研究，包括倪嗣冲主皖期间对安徽的治理、在近代实业上的投资和开发东北边区两个方面；二、史实重建趋向制约下的相关研究，涉及倪嗣冲与民初的政治军事、倪嗣冲纪念银币之争议、倪嗣冲在天津寓所之谜、倪嗣冲迁移蚌埠之谜四个方面。”当然，他也指出这一研究尚存在诸多不足。资料方面“主要是有关倪嗣冲的墓志铭、家传资料，文电资料、军事经历资料的挖掘需要强化”。研究方面“主要表现在：一、研究者的地域局限；二、受传统对北洋军阀祸国殃民的否定情结影响，评价缺乏客观性；三、研究内容有缺失，且缺乏横向的联系和比较”。[※注]