在抗日战争史研究中，日本侵华政策的演变及其实施，日军的罪行、暴行，战后的审判与战争遗留问题等重大问题，也引起了学者们的极大关注。

关于日本侵华政策，严格说来应属于日本近代史或中日关系史的研究范畴，但它与中国抗日战争又有着密切联系，也是抗日战争史研究的对象之一。资料方面，最早出版的是上海复旦大学历史系编辑的《日本军国主义侵华资料长编》（上海人民出版社1978年版）。从20世纪70年代末起，由中国社会科学院近代史研究所民国史研究室编辑、中华书局陆续印行的《中华民国资料丛稿》中，翻译了一批主要源于日本防卫厅防卫研究所战史室整理的史料，其中包括《中国事变陆军作战》《华北治安战》《河南作战》《湖南作战》《广西作战》，等等。之后，天津政协编译委员会又摘译了日本防卫厅防卫研究所战史室编纂的《大本营陆军部》，另名为《日本帝国主义侵华资料长编》（四川人民出版社1987年版）。在此前后，参加过侵华战争并在不同层次上参与过侵华政策制定的原日本官员的回忆录，也被翻译成中文，其中有重光葵的《侵华内幕》（解放军出版社1987年版）、《土肥原秘录》（中华书局1980年版）、《今井武夫回忆录》（中国文史出版社1987年版）。另外就是井上清的《日本军国主义》（商务印书馆1985年版）、藤原彰的《日本近代史》（商务印书馆1983年版）、服部卓四郎的《大东亚战争全史》（商务印书馆1984年版）、森松俊夫的《日军大本营》（军事科学出版社1985年版）、信夫清三郎的《日本外交史》（商务印书馆1980年版），等等。这些翻译过来的史料和专著，为中国学者研究日本侵华战略提供了一些方便。内地对日本侵华战略的系统研究，有徐勇的《征服之梦——日本侵华战略》（广西师范大学出版社1993年版）、臧运祜的《七七事变前的日本对华政策》（社会科学文献出版社2000年版）、史桂芳的《“东亚联盟论”研究》（首都师范大学出版社2001年版）、关捷的《日本侵华政策与机构》（社会科学文献出版社2002年版）、沈予的《日本大陆政策史（1868—1945）》（社会科学文献出版社2005年版）、林庆元和杨齐福的《“大东亚共荣圈”源流》（社会科学文献出版社2006年版）、米庆余的《近代日本的东亚战略和政策》（人民出版社2006年版）等。这些研究，对于日本近代以来侵华政策的缘起和演变，都有基本的勾勒。一般来说，中国学者之间并无观点分歧，而在日本侵华政策是否有一以贯之的特征问题上，与日本学者的分歧却比较明显。

关于日军罪行、暴行的研究，从20世纪80年代开始，到90年代形成高潮。由于这种研究主要是揭露与考证史实，故在出版的著作中难以区分哪些是史料性图书、哪些是研究专著。已经出版的图书主要有：南京大屠杀史料编辑委员会编辑的《侵华日军南京大屠杀史料》（江苏古籍出版社1985年版）、《侵华日军南京大屠杀暴行照片集》（江苏古籍出版社1985年版）、《侵华日军南京大屠杀档案》（江苏古籍出版社1987年版）、中央档案馆和中国第二历史档案馆编辑的《日本帝国主义侵华档案选编——南京大屠杀》（中华书局1995年版）、朱成山的《侵华日军南京大屠杀幸存者证言集》（江苏古籍出版社1994年版）、南京大屠杀遇难同胞纪念馆编辑的《侵华日军南京大屠杀外籍人士证言集》（江苏古籍出版社1998年版）、章开沅的《南京大屠杀的历史见证》（湖北人民出版社1995年版）、中国第二历史档案馆等编辑的《侵华日军南京大屠杀图集》（江苏古籍出版社1997年版）、中国人民抗日战争纪念馆编辑的《日军侵华暴行》（北京出版社1995年版）、章伯锋等主编的《血证——侵华日军暴行日志》（成都出版社1995年版）、军事科学院编辑的《凶残的兽蹄——日军暴行录》（解放军出版社1994年版）、中央党史研究室编辑的《日军侵华暴行纪实》（中共党史出版社1994年版）、北京档案馆编辑的《日本侵华罪行实证》（人民出版社1995年版）、李秉新编辑的《侵华日军暴行总录》（河北人民出版社1995年版）、符和积主编的《铁蹄下的腥风血雨——日军侵琼暴行实录》（海南出版社1995年版）、郭成周等编辑的《侵华日军细菌战纪实》（北京燕山出版社1997年版）、韩晓编辑的《侵华日军细菌部队罪证图片集》、纪道庄等编辑的《侵华日军的毒气战》（北京出版社1995年版）、步平等编辑的《化学战》和《阳光下的罪恶——侵华日军毒气战实录》（黑龙江人民出版社1999年版），以及与日军南京大屠杀有关的译著《拉贝日记》（江苏人民出版社、江苏教育出版社1997年版）和《东史郎日记》（江苏教育出版社1999年版）等。2000—2009年，相关著述更是层出不穷，如章开沅的《从耶鲁到东京：为南京大屠杀取证》（广东人民出版社2003年版），陈先初的《人道的颠覆：日军侵湘暴行研究》（社会科学文献出版社2004年版），中共河北省委党史研究室编的《长城线上千里无人区》（中央编译出版社2005年版），中央档案馆、中国第二历史档案馆、河北省社会科学院编的《日本侵略华北罪行档案》（河北人民出版社2005年版），张宪文、吕晶编的《南京大屠杀真相》（江苏人民出版社2007年版），张宪文主编的《南京大屠杀史料集》（江苏人民出版社2005年出版1—29集，2007年出版30—55集），等等。《南京大屠杀史料集》的内容涵盖四大类型：一是加害方日本方面的史料；二是受害方中国方面的史料；三是第三方欧美国家等方面的史料；四是战后远东国际军事法庭和中国军事法庭方面的史料。这些史料，多数是首次在内地披露，利用价值极高。

关于战争遗留问题，并不仅仅是个学术问题，实际是国家之间的大是大非问题，没有日本对中国的侵略，当然也就不存在什么战争遗留问题了。因此，20世纪90年代以后，战争遗留问题开始成为抗日战争史研究中的一项新内容。战争遗留问题主要包括钓鱼列岛的主权归属问题、中国劳工和慰安妇受害事实、日军施用生化武器侵害和遗害中国问题、香港军票问题、中国民间战争受害赔偿问题，等等。战争遗留问题虽然是个新的研究领域，研究时间也不算长，而且还有某种非学术性因素的干扰，但在众多学者和社会热心人士的积极努力下，还是取得了相当可观的成绩。限于篇幅，这里仅择要介绍有关钓鱼列岛主权归属和慰安妇两个问题的研究概况。

关于钓鱼列岛主权归属问题的研究。钓鱼列岛自古以来就是中国的固有领土，由于清政府的腐败无能，1895年后被日本武力窃占。1945年日本在第二次世界大战中战败投降，该列岛受美国托管。1971年美国结束托管，将该列岛作为琉球群岛的一部分，私相授受于日本管理。中华人民共和国成立以后，中国政府多次申明对该列岛拥有主权。20世纪90年代，有学者以大量文献资料论证：早在15世纪以前，中国就已经发现了钓鱼岛并为之命名。以后几个世纪，在日本图籍中不仅沿用了中国对钓鱼岛及附近岛屿的命名，而且明确将其划在中国海域之内。还有数种明清文献资料证明：钓鱼列岛列入中国版图之后，曾先后划归中国福建和台湾海防区域。虽然日本在甲午战争后吞并了钓鱼列岛，但按照《开罗宣言》和《波茨坦公告》，日本理应将其交还给中国。[※注]还有人以日本文献，论证日本在中日甲午战后实际占领钓鱼列岛之前，朝野人士的共识是：“钓鱼列屿系台湾附近清国所属岛屿。”[※注]近年出版的相关图书，则有鞠德源的《日本国窃土源流：钓鱼列屿主权辨》（首都师范大学出版社2001年版）和《钓鱼岛正名：钓鱼岛列屿的历史主权及国际法渊源》（昆仑出版社2006年版）、郑海麟的《钓鱼岛列屿之历史与法理研究》（中华书局2007年版），等等。

关于慰安妇问题的研究。中国学者的研究，相对于日本、韩国学者，起步较晚。出版的研究著作，主要有苏智良撰写的《慰安妇研究》（上海书店出版社1999年版）、《日军性奴隶：中国“慰安妇”真相》（人民出版社2000年版），以及由他主编的《滔天罪孽：二战时期的日军“慰安妇”制度》（学林出版社2000年版），还有陈庆港的《血痛：26个慰安妇的控诉》（北京出版社2005年版），陈丽菲、苏智良的《追索：朝鲜“慰安妇”朴永心和她的姐妹们》（广东人民出版社2005年版），苏智良、陈丽菲、姚霏的《上海日军慰安所实录》（上海三联书店2005年版），等等。论文方面，有学者对日军实行慰安妇制度的动机和成因做了比较深入的研究，提出慰安妇制度绝不是商业行为，而是日军以进行侵略战争为目的的决策；中国慰安妇来源于抢夺、俘虏、诱骗和强征妓女；在36万至41万慰安妇中，大多数是朝鲜和中国妇女。[※注]史料方面，有人披露了日军在天津强征慰安妇的一组档案资料，内容涉及日军设立强征中国慰安妇的机构、向伪政府下达征集慰安妇的命令、强征人数、管理办法等。[※注]有人对日军设在上海和南京的一些慰安妇所进行了实地考察，还有人对山西盂县幸存的当年受害妇女进行了访问调查。这些工作，推动了研究的深入。