荷兰入侵台湾本岛之前，曾短暂侵占澎湖，并与明朝福建地方政府进行过断断续续的战争和交涉，此即所谓澎湖危机。陈小冲具体考察了1622—1624年澎湖危机的背景、进程与影响，认为澎湖危机是荷兰殖民者在远东的贸易扩张及其与西班牙、葡萄牙殖民竞争的必然产物。荷兰殖民者侵占澎湖，主要是为了打开对华贸易，因当时澎湖早已被纳入中国东南沿海军事与海防辖区，明朝福建地方官员与前线将领坚决要求荷兰人退出澎湖，但并不反对荷兰人退处“大员”（台南安平地区）。对于荷兰殖民者退据台湾，有些国外著作竟然称之为“割让”，甚至有个别学者声称台湾最早是荷兰的领土。陈小冲认为，澎湖危机中福建地方当局和明军前线将领充其量不过是口头上暂时允许荷兰人在“大员”滞留，以“大员”作为中荷通商贸易的口岸。双方既没有通过谈判签订正式的书面和约，也没有通过战争强迫某一方接受既成的领有事实，因此根本无从谈起任何形式的“割让”。但不可否认的是，澎湖危机的结局，客观上直接导致了荷兰殖民者对台湾的占领，之后殖民台湾达38年之久。[※注]在荷据台湾时期，澎湖究竟处于怎样的地位，以及其在后来的荷、郑对抗中又发挥着怎样的作用？杨彦杰撰专文探讨，认为荷兰人占据台湾后，明朝政府对于收复的澎湖相当漠视，使荷兰人有机会就近窃占利用，以之为船舶停靠、货物装卸与贸易的中转站和据点，并利用这个据点，大量收购和转运中国商品，从而取得台湾转口贸易的繁荣。与此同时，郑成功势力的兴起，彻底改变了以往台澎地区的军事、政治格局，特别是1650年以后，为对抗荷兰殖民势力，郑成功更加重视澎湖的战略地位，不仅重新恢复澎湖游击，而且经常派遣官员、军队到澎湖地区巡察设防，甚至把政令直接送入台湾岛内，加强对澎湖地区的管理和控制，有效地遏制了荷兰殖民势力的扩张，为郑成功最终收复台湾奠定了重要的战略基础。[※注]

针对荷兰学者包乐史（Leonard Blusse）所谓荷兰人最先在台湾设立行政机构，并对台湾的开发有过重大贡献的观点，黄志中撰文批驳，认为台湾和中国大陆有长达几千年的经济、文化联系，1624年荷兰人进入台湾时，当地并非如包乐史所说只有寥寥几个汉族商人，而是已有成千上万的汉人在此定居，最先在台湾建立政权的并不是荷兰殖民者，而是当时在台湾活动的中国海商，如林道乾、林凤、颜思齐、郑芝龙等人的武装力量。郑芝龙招募大批汉人入台，是为了巩固自己在台湾的统治，绝不是以“荷兰东印度公司雇员”的身份为荷兰侵略者效劳，更不是包乐史所说的“执行荷兰东印度公司的政策”。在荷兰统治38年间，台湾经济是有发展的，但并不能归功于荷兰殖民者的“开明政策”，相反，荷兰殖民者的残暴统治与掠夺则阻碍了台湾社会经济的发展。[※注]徐晓望进而认为，在颜思齐、郑芝龙之前，袁进、李忠等海盗已在台湾的北港盘踞12年，他们实际上掌控着台湾，是台湾最早的开拓者。郑芝龙作为后起的海盗头目，是袁进事业的当然继承者。郑芝龙参与了为解决澎湖危机与荷兰人的谈判，知道北港是为了促使荷兰退出澎湖而作为交换条件暂时让给荷兰人的，所以他非常清楚荷兰人在台湾的地位。从这一背景看，1662年郑成功向荷兰人讨回台湾有其合法性的根据，只是荷兰人无视这一点而已。[※注]

台澎地区自宋元以来就成为中国开拓海洋世界的前出要区。晚明以来，日本、荷兰东印度公司和西班牙殖民势力都对台湾有所觊觎和行动，最后荷兰殖民势力控制了台湾，但其侵占既没有法理基础，又缺乏长期占台的实力，终于难逃被中国郑氏海上力量驱逐的命运。[※注]汪曙申撰文认为，17世纪荷兰海权崛起，凭借强大的海上实力向东方拓展贸易，并趁明朝陷入内忧外患、陆权衰弱之际侵占台湾，将之纳入其构筑的远东殖民贸易体系，使台湾成为荷兰海外贸易的中转站、出口商品生产地和税收来源地，以及打击西班牙和葡萄牙海上对手的重要据点。台湾沦为荷兰殖民地在某种意义上是东西方传统陆权与新兴海权势力消长的结果，也反映了中国封建王朝与西方资本主义国家对台湾地缘政治价值的不同认知。[※注]宋洁利用《热兰遮城日志》中译本等珍贵资料，系统地考察了荷兰东印度公司对台湾“原住民”殖民统治建立的历史过程。他认为，17世纪上半期，为了追求贸易利益，荷兰东印度公司来到台湾，并在“大员”建立贸易转口站。为了巩固公司在“大员”的贸易阵地，荷兰人开始与岛上“原住民”发生接触。从1640年开始，东印度公司在“大员”的转口贸易稳定下来，并将目光转向台湾本岛的物产资源鹿皮、黄金、硫黄等，为了攫取这些资源，公司与岛上“原住民”矛盾激化，并展开对“原住民”的大规模武力征伐。经过近十年的武力征伐，公司最终建立起对台湾“原住民”的殖民统治。荷兰东印度公司对“原住民”的统治方式，主要包括政治上的地方会议制度和村社长老制度，经济上的贌社制度和年贡制度，文化上的传播基督教。[※注]张曙光则对“荷兰统治台湾三十八年”说提出质疑，认为在1624—1662年，荷兰殖民者在台湾盘踞时间的确长达38年，但在这38年间台湾本岛内部形势错综复杂，多种势力互相牵制，并非如论者所谓“荷兰统治台湾三十八年”。这期间，中国势力郑芝龙集团及其子郑成功对台湾的建设、开发和守卫，有效地阻击了荷兰殖民者独霸台湾的阴谋。外国势力日本、西班牙与荷兰互相争夺，在此争斗过程中荷兰殖民者并未占据上风。实际上，荷兰殖民者统辖人口、地域并未广及全岛，即使在其盘踞的鼎盛时期，亦未真正统治台湾全岛。[※注]

荷兰殖民者对台湾的侵略与统治遭到中国人民的激烈抵抗。17世纪初，荷兰通过东印度公司在东方扩张殖民势力，起先侵占澎湖，随后在明朝政府的压力下退出澎湖而占据台湾南部，又通过清除日本、西班牙殖民势力，一度成为独占台湾的殖民者。荷兰殖民者残暴的压迫和掠夺，一开始就激起台湾少数民族和汉族人民的不断反抗。目加溜湾、新港、麻豆、萧垅各社族人不堪忍受东印度公司的欺压和盘剥，经常起来反抗。汉人郭怀一起义是最大一次反抗荷兰殖民者的斗争。郑芝龙势力也曾给荷兰殖民者以沉重打击。最后，郑成功率军驱逐荷兰殖民者，收复了台湾。[※注]李祖基根据荷兰人的《东印度航海记》等资料，论述了荷兰殖民者在闽南沿海进行武装骚扰并侵占澎湖的活动，以及中国军民的抗荷斗争并把荷兰殖民者赶出澎湖的历史事实。[※注]

荷据时期，台湾处在错综复杂的矛盾冲突之中，荷兰殖民者与各方面势力的关系也是值得探讨的问题。荷据台湾早期荷兰与日本的冲突，学界一般认为是商业冲突。陈小冲撰文认为，其实在所谓商业冲突表象的背后有着复杂的政治因素，可以说是由初始单纯的商业冲突，逐渐演变为由长崎代官末次平藏精心策划实施的夺取台湾统治权的政治阴谋，其实质是日本与荷兰争夺台湾统治地位的政治冲突，最后被日本锁国政策所终结。[※注]徐晓望利用新翻译的荷兰档案《热兰遮城日志》等，研究荷兰殖民者入侵台湾的战略意图及其与福建商人争夺台湾海峡控制权的斗争，认为荷兰殖民者侵略澎湖与台湾，其主要目的是垄断中国的商品出口，切断福建与马尼拉、澳门及东南亚之间的直接贸易，并取而代之。他们的侵略行动受到福建商人的抵制，以郑芝龙为首的福建商人利用包买制度反而控制荷兰人。但在荷兰人的军事压力下，郑芝龙被迫同意开放对台湾的贸易，并运去大量商品。这标志着荷兰从福建商人手中瓜分了相当一部分的商业利益。荷兰殖民者最终被郑成功驱逐，是因为他们的存在妨碍了东亚国际贸易的正常秩序。[※注]郑氏海商集团与荷兰东印度公司，是17世纪中叶台湾海峡最为强大的两股军事力量。陈思通过对当时荷郑双方在台海军事力量的比较分析，认为荷兰东印度公司拥有强大的海、陆军，其武器装备代表着当时的世界先进水平；而郑成功领导下的郑氏海商集团，虽然军队武器装备不如荷军，但在人员数量、训练水平、作战经验、战略战术指挥等各方面都要比荷军更具优势。郑氏海商集团正是充分发挥了这些军事上的优势，才能在17世纪中叶的台海霸权争夺中屡次挫败荷兰东印度公司，并最终从其手中收复中国神圣领土——台湾。[※注]

西班牙在台湾的殖民统治一直较少被学界论及，其中厦门大学台湾研究院的博士研究生台湾人刘彼德的相关研究成果值得关注。西班牙人于1626年进占台湾鸡笼建立基地，接着扩张统治到淡水。不及十年，遭到淡水“原住民”强力反抗，淡水城堡在1636年一次夜袭中被毁，西班牙人被迫撤离，退守鸡笼。1636年，淡水“原住民”大败西班牙人可能是17世纪台湾“原住民”反抗外国殖民势力最大的一次胜利，是台湾历史上的重大事件。据统计估算，西班牙驻台湾总人口数历年之变化，1626年驻台人数为最高峰，超过1000人，其后持续减少，到1635年降至1000人以下，1639年总人数降至最低点为240人，后稍有增加，1642年西班牙投降荷兰时有446人。在西班牙人控制的势力范围之内的只有鸡笼附近和淡水河流域的一些聚落，估计总人口数不到3000人，他们被迫为新迁入的数百上千的西班牙人供应粮食，无疑是极为沉重的负担。淡水“原住民”以原始武器激烈反抗西班牙殖民统治的原因是，西班牙人收到的大米补给远低于需求量，而且现金不足，粮食来源不继，唯有不断地向“原住民”需索存量不多的粮食，导致“原住民”不满。加以两个族群间的文化差异太大，淡水居民没有如西班牙人期望的成为虔诚的天主教徒，即使神父慈爱和关怀也没有能够化解淡水“原住民”长期累积的怨怒。最后“原住民”联合起来反抗殖民统治，赢得胜利。由于“原住民”没有留下任何文字记录可以参考，只能从以西班牙文件为主的历史数据中，从殖民者的眼光揣测“原住民”的立场和想法，是一个很大的遗憾。[※注]