明郑时期，郑成功把已收复的台湾赤崁地方改为“东都明京”，并在台湾设立承天府和天兴、万年二县。随后，郑经改“东都”为“东宁”，改天兴、万年二县为州。郑成功为什么要在台湾设立“东都”和“承天府”？郑经又为什么要把“东都”改为“东宁”？改“东都”为“东宁”之后，承天府作为一个府的建置是否依然存在？邓孔昭做了详细考证，认为郑成功遥奉南明永历政权为正朔，“东都”是郑氏政权遥奉的南明永历帝的东方首都，“承天府”是南明永历政权的京畿首府。设立“东都”和“承天府”，是郑成功宣扬东征台湾正当性的需要，也是他坚持抗清复明立场的表白，表明他随时欢迎永历帝移跸台湾并要把台湾建设成为抗清复明基地的政治态度。可是，随着永历帝被清军捕获和杀害，南明最后一个小朝廷已不复存在，“东都”也就失去了存在的象征性意义。在经历了一连串内乱和被清军赶出大陆沿海之后，郑经最希望得到安宁，故将“东都”改为“东宁”。在郑经改“东都”为“东宁”，升二县为直隶州，增设南北路安抚司之时，“承天府”作为一个府的建置即被撤销。[※注]关于天兴、万年两个县（州）的辖境如何划分，当时并无明确的记载。有的学者认为，天兴县（州）所管辖的地域就是清初诸罗县的地域，万年县（州）的地域清初则分为台湾县和凤山县。有的学者则认为，万年所管辖的地域即为清初的凤山县，天兴的地域清初则分为台湾和诸罗二县。邓孔昭撰文考证，认为天兴县（州）的辖境，包含清初诸罗县的全部和台湾县的一部分，万年县（州）的辖境则包含清初凤山县的全部和台湾县的另一部分，并指出天兴县（州）和万年县（州）分界线的走向应该是：最西的分界线在安平镇与北线尾之间的水道，经台江内海，经土墼埕以北小水道的入海口，经这条小水道及其延长线偏南蜿蜒往东。[※注]

明郑时期台湾的经济开发，是学界关注较多的问题。陈诗启探讨郑成功驱逐荷兰前后台湾社会经济的变化，认为台湾社会由于郑氏政权的推动与台湾劳动人民的努力，已经从一个原始的、殖民地的社会跨进了封建社会的大门，封建生产方式正在日益增长和扩大之中。封建的生产关系在大陆上虽然已经腐朽，并起着阻碍生产力的作用，但在台湾却是一种新的生产关系，无疑会促进台湾社会生产力的发展。郑氏政权时期台湾的开发与社会经济的飞跃发展正是这种新型生产关系的集中体现。[※注]郭沫若从郑成功银币的发现，敏锐地观察到郑氏政权驱荷复台后其财政经济政策已从海上贸易转变为农业生产的事实。[※注]关于郑氏在台湾的屯垦，吴奇衍、黄武认为，郑氏父子在台湾实行屯垦是一种战略决策。郑成功入台以后，面临着相当严重的粮食危机问题。这一问题不仅影响到之后的巩固和发展，而且也直接影响到当时政治上的稳定及民族关系的融合。郑成功实行屯垦措施，不仅在战略上为巩固与发展政权铺平了道路，而且对克服当前种种困难、解救燃眉之急也起了相当大的作用。对于屯田的性质，有人认为与历代屯田一样，是一种土地国有制的形式。林庆元不同意这种看法，认为郑成功的屯田，只是军队官兵私人占田的一种形式，因为屯垦的直接生产者并不是士兵，而是由屯弁“开屯招佃”，郑成功政权向屯弁征税，实际上承认了屯田为私有，屯田还可以世袭和继承，可见这种屯田是封建地主土地所有制的一种特殊形式。[※注]关于郑氏时期台湾农民的田赋负担，历来有两种不同的说法，一种认为赋税过重，一种认为征赋甚轻。陈动从不同角度考察了郑氏官佃和文武官田制度下的田赋负担，认为郑氏时期台湾农民有自耕农、佃农和官佃三种类型，尽管他们各自所处的地位不同，所承受的田赋或地租负担不同，但是把他们同前后两个不同时期以及同期的大陆农民比较，他们的负担并非有人所说的那样重，其实在绝大多数比较中还显得较轻。正因此，郑氏时期沿海人民纷纷赴台，台湾的农业出现了飞跃发展的局面。[※注]“文武官田”是郑氏时期台湾私田的别称，也是台湾封建地主经济的发端。连横《台湾通史》“田赋志”把郑氏“文武官田”的田赋叫作“租”，又把“文武官田”的地租分离出一部分叫作“税”。邓孔昭指出这种做法是错误的，郑氏“文武官田”征赋的标准，各等则都是“官田”租率的1/5。[※注]关于郑成功的经济思想，黄志中认为，郑成功的经济思想可归纳为农本论、通洋裕国论和工商皆本论三点。其中，通洋裕国论是郑成功经济思想核心，也是区别于其他统治者的最主要标志，这个思想充分反映了当时中国东南沿海无数从事海上贸易的商人、舵工水手以及广大从事商品生产的手工业者和农民的愿望与要求。林其泉、郑以灵认为，郑成功的经济思想，可以用“农本”“商战”来加以概括。这种思想具有自己的特点：其一，表现出经济为政治和军事斗争服务的特征。其二，既继承了中国传统主张，又打破中国传统的做法，中国历来传统的主张是重农抑商，而郑成功则是既重农又重商，农商并举，本末并重。其三，经济思想集中体现在经济政策和经济措施中，即体现在经济实践中，对加速台湾的开发和建设起了积极作用。[※注]

明郑时期对台湾开发的贡献如何，陈孔立通过估算人口与耕地面积，认为郑氏时代全部耕地所产谷物可供10.2万—12万人食用，其中郑氏时代新开耕地所产谷物可供5.6万—5.8万人食用。这就是说，郑氏时代汉人人口为10万—12万人，其中郑氏时代新增汉人为5.6万—5.8万人。与荷据时代汉人人口（4.5万—5.7万）相比，也说明郑氏时代增加了6万人左右，减去郑氏官兵及其眷属3.7万人，郑氏时代的实际新增移民人口为2万—3万人。从耕地面积来说，郑氏时代总面积达30054甲，比荷据时代增加17800甲，即扩大1.45倍。这是当时开垦的成绩。但是，开垦的土地并没有完全成为耕地，有的因为田土力薄而抛荒，有的因为被溪沙冲毁而不能耕种。所以到了郑氏退走时，可耕田园只有18453甲。这个数字只比荷据时代1660年的耕地面积12252甲，多出6201甲。换句话说，郑氏时代开垦的实际成绩，或为后人提供的耕地只有6000多甲。这就只有荷据时代耕地面积的1/2了。这表明郑氏时代确实开垦了荒地，但实际效果则不佳，开发的成绩是有限的。[※注]

明郑时期的族群、移民与社会变迁，也是学界关注的重要问题。明郑政权对待台湾少数民族的政策，是一种民族和睦政策。陈国强、施联朱分别撰文，探讨郑成功驱荷复台前后对待台湾少数民族的态度及其所采取的政策措施，认为郑成功在收复台湾斗争的过程中，深刻意识到必须获得台湾各族人民的支持，他一方面实行军垦，解决军粮困难，以减轻人民的负担；另一方面则通过抚慰少数民族上层人物，进一步争取民心，并严禁士兵滋扰少数民族村社，帮助他们改良提高农耕技术，发展农业生产。郑成功的这些措施，反映了他对待少数民族同胞始终采取了民族和睦的政策，体现了其高瞻远瞩的战略思想，因而使台湾当时出现了比较安定的局面，不但取得驱荷复台斗争的胜利，而且有利于推动台湾的开发。[※注]

明郑时期大量汉族移民，改变了台湾社会的族群结构。孙清玲关注政治移民，认为在郑成功收复台湾时，便以军队武装为前锋，陆续带去部分明朝宗室和故老乡绅。为了巩固政权，还移置了不少纳降的清军或叛逃将士家属，以及追随郑氏政权或反抗清初“迁界令”的沿海居民。这是一次由于政治、军事的暂时退缩需要，以军队武装和其他政治性人员为核心的移民，在台湾构成以郑氏集团为统治中心的移民社会，是台湾历史上一次大规模的、有组织的、特殊的政治移民活动。[※注]庄国土则关注移民与商贸的关系，认为17—18世纪是闽南人海外移民的高潮时期，也是台湾移民社会形成和发展时期。台湾移民以闽南人为主，可说是闽南社会在海峡对岸的延伸。推动闽南人移民海外的内因是明中叶以来的人口压力，而16世纪中叶欧人东来以后带动的商贸和东亚、东南亚沿海地区的开发使对中国商贩和劳力的需求大增，则是吸引闽南移民的拉力。在整个17—18世纪，始终存在着华人海上商贸和海外移民的互动。闽南人冒险、重商的人文精神，则是使这种推力与拉力作用得以实现的主观原因。17世纪20年代以来，由泉籍郑氏集团主导的海外华商网络和台湾开发则是台湾泉籍人多于漳籍人和泉籍人主导台湾商贸的主要原因，这与17—18世纪海外华商网络和华人社会以闽南人为主、闽南籍者又以泉府人居多是相一致的。[※注]无论是政治移民，还是商贸移民，都不但改变了台湾的族群结构，而且促进了台湾社会文化的变迁。

明郑时期的汉族移民，给台湾带来了儒学教育与汉文化传播。黄新宪考察了明郑时期台湾的教育与科举，认为郑成功、郑经父子及其后裔，在移植并推行大陆封建生产方式的同时，还兴学校，开科举，大力发展文化教育，改善了台湾的社会环境。其时，台湾形成了一个初具规模的包括初等教育（社学）—中等教育（府学）—高等教育（学院）在内的教育体系，并建立了考选制度，为日后清政府继续发展台湾的文教事业奠定了良好的基础。[※注]陈名实、王炳庆撰文，认为明末清初，郑成功在福建沿海抗清时，即在厦门设储贤、育胄二馆，以经世致用、反清复明为教育目的，作为招纳贤才、培养阵亡将士后代的教育机构。曾在储贤馆就学的陈永华在台湾创办儒学，参照明朝泉州的教育制度，建立台湾的教育体系，贯彻郑成功的儒学思想，以经学为教育内容、春秋大义为道德准则，培养经世致用的人才，力图在台湾实现王道理想，进而达到反清复明的目的。郑成功、陈永华对台湾儒学教育的创建与影响，体现了闽台文化之间的传承关系。[※注]秦四霞专论台湾的儒学教育，认为在郑氏三代经营台湾期间，移植了明朝的政治体制和文教制度，建孔庙，兴教化，确立了儒学教育，促成了以理学为核心的儒家思想在台湾的传播，把中华优秀的传统文化传播到台湾，台湾教育逐步发展，受教育面扩大，儒家思想文化在短时期内确立了自身的主导地位，并在台湾生根发芽，成为台湾文化的核心，以及引导台湾社会发展的重要精神力量，由此也奠定了台湾文化教育事业发展的基础。[※注]陈梧桐认为，郑成功驱荷复台，不仅捍卫了祖国的主权和领土的完整，扫荡了荷兰的殖民文化，而且将大量的汉人特别是闽南人迁移入台，促使台湾社会逐步演变成以福建汉族人口为主的移民社会，有力地推动了汉文化在台湾的传播和发展。郑成功及其后继者所采取的一系列政策措施，则又进一步凸显和强化汉族移民在政治、经济、生活上的优势地位，使汉文化逐步发展成为台湾的主流文化。[※注]左玉河认为，明郑时期移入台湾的儒学，是与郑成功、陈永华渊源颇深的东林党及浙东学派的经世儒学。它以经学和经世实学为主流，强调反清复明之思想，重视经世实学之复振精神，一扫晚明阳明学空谈心性之学风，具有明显的功利色彩。清朝统一台湾以后，以程朱理学改造明郑时期的台湾儒学，改变其宗旨及内容，淡化其反清复明思想，使朱子学逐渐成为清代台湾儒学之主流。[※注]

明郑时期的汉族移民，还促进了佛教及民间信仰在台湾传播。学界一般认为，佛教最早从大陆传入台湾是在明郑时期，最早的佛寺为台南的竹溪寺、弥陀寺等[※注]，但尚少见有关明郑时期台湾佛教的系统论述。台湾不少民间信仰，也是在明郑时期随汉族移民传入的。台湾最早一座城隍庙建于明郑时期，这是城隍信仰传入台湾的标志。[※注]清水祖师因福建安溪县清水岩而得名，有安溪人随郑成功军队进入台湾，也把清水祖师信仰传入台湾。[※注]保生大帝信仰也是在明末清初随着闽南百姓大规模移民而传入台湾。[※注]关帝信仰在明郑时期开始传入台湾，据统计当时有九座关帝庙分布在台南地区。[※注]

明郑时期的人物研究，除了郑成功以外，郑经是被关注较多的人物。郑氏三代经营台湾22年，其实主要是郑经对台湾的统治。陈昕的《郑经研究》是对郑经生平活动较全面的研究，高度评价了郑经对郑成功事业的继承和发展，尤其是对台湾的开发和贡献。[※注]张小林简要论述了郑经在台湾的军政建设，以及其发展经济和开发台湾的贡献。[※注]王一侬充分肯定郑经治理台湾的历史作用，认为对郑氏政权开发台湾的评价，主要应以郑经治台的贡献大小来论定。郑经在台执政18年，农商并重，台湾经济繁荣，政治稳定，文化提高，跟上了清代整个中国社会发展的步伐。郑经因在台湾开发治理方面取得的成就，确立了自己不可抹杀的历史地位。[※注]李鸿彬以郑经参与“三藩之乱”为例说明，郑经统治台湾期间，虽然在开发和发展社会生产方面做出一定的成绩，但是在坚持封建割据、阻挠祖国统一、骚扰东南沿海、破坏社会安定方面却犯了严重的历史性错误，故遭后人的谴责和唾弃。[※注]黄天柱、廖渊泉、蔡长溪评论郑经的历史功过。一方面充分肯定其主要功绩：坚守金厦，援父复台；彻底粉碎清荷围攻；继承祖业父志，开发建设台湾。另一方面，也不否认其严重过错：酿成父子矛盾，参加夺权斗争；错误利用“三藩之乱”出兵福建，惨遭失败；沉溺酒色，荒废台政。郑经是一个有功有过的历史人物。[※注]某些“台独”学者为了替自己寻找历史根据而称郑经在台湾“独立建国”，大陆也有人“以古鉴今”而说郑经是分裂国家的“台独分子”。对此，不断有学者依据史料加以质疑和辩驳。朱双一解读郑经《东壁楼集》中的近500首诗，认为这些诗呈现了一位继承其父郑成功遗志和“遗民忠义”精神，始终奉明正朔，矢志抗清复土，时而孤独消沉，时而慷慨激昂的抒情主人公形象。郑经的志向是作为明朝之“臣”，而不是作为独立王国之“君”，可见他并非“台独分子”。[※注]陈孔立针对某些学者在赞扬郑成功与施琅统一台湾历史功绩的同时，把郑经说成是“分裂祖国”“割据台湾”“背叛郑成功事业”的历史罪人，甚至说他是“台独分子”，是“台独的祖师爷”的观点，提出反驳意见，认为这是强加罪名制造的冤案，对郑经并不公道，应当更多地了解明清时代的真实情况，历史主义地看待问题，才能作出公正的判断。[※注]

另外，学界对陈永华、刘国轩、郑克塽等人也有所论及。翁国珍探讨了陈永华对早期台湾文教事业的发展与科学技术传播的贡献。[※注]罗春寒认为，陈永华是郑氏时代台湾的实际开拓者，其开发建设台湾，使台湾社会经济得到长足发展，增强了台湾的经济实力，缩短了台湾与大陆的差距，有助于保卫台湾以维护祖国领土主权完整，也有利于最终实现祖国统一大业。罗春寒还对某些学者所谓陈永华是文武全才的观点提出异议，认为陈永华既无军事实践也无军事知识，并非军事干才，但他在用人问题上，能够做到举贤任能，注重培养、招揽和爱惜人才，并有优良品行，是维系郑氏政权存在与发展举足轻重的人物。[※注]施伟青对刘国轩一生重大史事进行探讨，并评述其是非功过，认为刘国轩先投清从戎，充当清政府民族征服政策的走卒，后叛清归郑，协助郑成功收复台湾，并辅助郑经对抗清政府，继而又在澎湖之战后倡率降清，有助于康熙统一台湾，其人生曲折的历程，虽不免有可议之处，但在关键处均顺应了历史潮流，应对其进行恰如其分的评价，给予其一定的历史地位。[※注]关于郑克塽率台归清，有些学者认为郑氏子孙背离了郑成功的抗清事业，投降异族，剃发易服，丧失了民族气节，甚至给郑克塽等人扣上“汉奸”“民族败类”等罪名。徐扬杰认为这种看法值得商榷。因为在17世纪80年代的历史条件下，大陆与台湾的统一是历史发展的潮流，康熙时期对台湾的政策适应了这个潮流，而郑经的政策则违背了这个潮流，郑经的继承者们在大兵压境的情况下，决定率台归清，恰恰是被迫地适应了这个历史潮流，是明智之举。这对于促进祖国的统一事业，促进台湾的发展，减少统一过程中的损失，有一定的贡献。[※注]