清朝在统一台湾过程中，剿抚兼施，和战并用，在激烈的拉锯战间隙，曾经有过多次和谈。陈碧笙简要论述了自顺治九年（1652）到康熙十八年（1679）的十次和谈经过，由于双方采取不妥协的态度，最后没有达成协议。[※注]陈在正评述了清政府与郑成功之间的和谈以及郑芝龙在其间扮演的悲剧角色。[※注]邓孔昭则详细考察了清政府与台湾郑氏集团谈判的背景，双方提出的条件，尤其是郑氏集团提出的“援朝鲜例”问题，认为清郑双方几次谈判背景大不相同，双方都是根据局势变化，利用谈判作为手段，以求达到自己的军事或政治目的。在不同的背景下，清郑双方提出的谈判条件也各不相同，大致有三种情况：第一种情况，当郑氏军队在大陆沿海拥有很强实力，并在战场上略占优势时，清方条件是郑氏军队退出大陆沿海及其岛屿，双方以澎湖为界，依照朝鲜事例，代为题请；郑方条件是已占沿海岛屿不能退让，要息兵安民，清方须将漳、泉、潮、惠四府粮饷让给郑氏养兵，海澄尤不能放弃，但可作为双方往来公所。第二种情况，当郑氏军队退守台湾，清军一时无法用武力攻取时，清方条件是郑氏可以世守台湾，但必须称臣奉贡，遵制剃发，沿海地方可开放与台湾通商；郑方条件是援朝鲜例，称臣奉贡，但不剃发。第三种情况，当清军完全控制台湾海峡的军事主动权，并攻下澎湖时，清方条件是台湾人民土地悉入版图，官兵遵制剃发，移入内地，听从朝廷安置；郑方条件是希望仍居台湾，承祀祖先，照管物业。实际上，郑方最后无条件投降。可见清郑双方在谈判中提出的条件是随着各自实力和斗争形势不同而不断变化的，“援朝鲜例”不是郑氏集团的专利，有时清方主动提出，反而遭到郑氏拒绝。对于清郑双方在谈判中提出的条件，尤其是“援朝鲜例”问题，学界有不同看法，有人从统一与分裂的思维角度，认为清郑双方的根本分歧在于是否承认国家统一与领土完整的原则问题，郑氏集团提出“援朝鲜例”是要从祖国分裂出去。该文不同意这种观点，认为“援朝鲜例”不是郑氏集团的基本立场，只是其与清方斗争时运用的一种策略，清方有时也采用这种策略，经过多次谈判，清方最终识破了郑氏集团提出的“援朝鲜例”乃缓兵之计，在做好一切渡海作战准备之后，郑氏“援朝鲜例”就完全失灵了，最终解决问题还是靠实力。[※注]

清政府在不同时期对郑氏集团采取招降政策，邓孔昭对此做了详细论述。他认为，清政府对郑氏集团招降大致分为三个时期：第一时期，从顺治三年八月到十二年九月，主要是针对郑氏集团的首要郑芝龙、郑成功、郑鸿逵等人的招降；第二时期，从顺治十三年到康熙元年五月，对郑成功招降失去信心后，转而把重点放在郑氏集团部属方面，企图分化瓦解郑氏队伍；第三时期，从康熙元年六月到二十二年七月，招降政策兼顾郑氏集团各阶层，分头并进，活动频繁。清政府长期对郑氏集团采取招降政策的原因有五：一是利用郑氏集团部分人抗清的动摇性和妥协性；二是在东西南多事之秋，需要对强敌各个击破；三是因郑氏集团海上武装力量占优势及台湾海峡的天险；四是利用郑氏集团将士眷恋亲人故土的思想；五是清政府在处理台湾郑氏问题上内部意见分歧。清政府招降政策在不同时期对郑氏集团影响各异，郑芝龙受抚降清，但郑成功、郑经则坚决抵制，并利用为缓兵之计，而施琅、黄梧等郑氏部属降清，影响甚大，后来不少将士纷纷受抚。清政府招降政策以强大的武力为后盾，前期收效不甚显著，后期影响越来越大，直到最后郑克塽也不得不率郑氏集团全体投降，可谓水到渠成。[※注]

有关清廷招抚郑氏集团新史料的发掘，秦国经利用清宫所藏顺治和康熙初年清廷招抚郑氏集团的未刊档案，如镶黄旗下同安侯郑芝龙的揭帖，兵部尚书噶褚哈、福建招抚总兵官孔元章的密本，郑经致孔元章书，郑经致其舅父董班舍启，藩前督理行营礼官蔡政、工官柯平复孔元章咨文，等等，论述了顺治时期清廷对郑成功的招抚活动和康熙初年孔元章至台湾招抚郑经的活动。[※注]

姚启圣于康熙十七年至二十二年（1678—1683）任职福建总督，除了在军事上与郑军相抗衡，后勤上积极筹集军饷、筹办军需外，在政治上还采取了一系列招抚措施，对郑军展开了大量的招抚活动。吴玫、孙国政分别撰文，系统论述了姚启圣的招抚政策、招降活动以及安置投诚官兵等事迹，并充分肯定其对削弱、瓦解郑氏集团和清政府顺利统一台湾所起的积极作用。[※注]

澎湖海战是康熙统一台湾的决定性战役，相关史事记载多有讹误，施伟青撰文对若干重要问题进行考证。关于清军首次进攻澎湖地点，《清史列传》等多种史书记载有攻夺猫屿、花屿之举，实则猫屿、花屿守军望风而逃，并未接战；至于首次海战郑军阵亡人数，多记载为三千余名，实际上只有二千余众。关于防守澎湖的郑军兵、船数额，史籍记载不一，从战船三十余艘、兵丁六千余人，到战船二百余艘、精兵万人或二万、三万、四万人，甚至“几五万人”；实则镇守澎湖的郑军二万余众，各种战船二百余号。关于清军官兵和战船数量，史籍也有不同记载，有水军三万人、战船三百余号，兵五万余、船五百余号，战舰六百余号、甲士六万余人等几种说法；实际上施琅所统官兵二万有奇、大小战船二百余号。该文还纠正了《澎湖台湾纪略》所载杜臻就施琅进征澎台问题发表谈话的多处讹误。[※注]

澎湖海战时的气候，是学界有争议的一个问题。施伟青对台湾学者周明德《天气对“澎湖癸亥海战”之影响》（《台湾风物》第37卷第3期）两个重要观点提出商榷：第一，周文根据《台湾外记》和《海纪辑要》所载康熙二十二年“五月二十八日大雨倾盆，至六月初六日方晴”的材料，做出施琅“远征舰队的一切筹备，受倾盆梅雨而瘫痪”，所以“不得已于台风季启程”的结论。施文认为，以上史籍所言之事发生在台湾，并未说明大陆东南也与台湾一样连降大雨，而施琅征台准备工作在康熙二十一年四月均已就绪，乘夏至南风进征也是康熙二十一年三月就提出的主张，康熙二十二年六月十四日是预定的出兵日期，故周文所论不能成立。第二，周文以连横《台湾通史·刘国轩传》等为依据，认定康熙二十二年六月二十二日清郑双方决战前夕，澎湖曾刮起北风、西北风。施文从施琅及其随征将领的报告论证从清军十五日抵澎，到二十二日取得大捷的“七日夜”期间，澎湖从未刮过北风、西北风。周文之所以出现这些谬误，是因为作者未能正确运用史学研究的一些基本方法，没有利用施琅的《靖海纪事》、姚启圣的《忧畏轩奏疏》这些第一手材料，而把第二手材料中不可靠的记述当成信史。[※注]周翔鹤认为周文与施文的不同看法牵涉到方法论问题，其对癸亥年澎湖海战的研究各自体现了引进其他学科方法与占有史料的不同侧面，各有所长。周文引进天气学方法，从台湾大雨推断闽南大雨，以及关于清郑双方决战前后风向变化的分析是可以成立的，但因脱离具体史料而得出不正确的结论。施文则详尽占有史料，追根溯源。其实两者可以统一起来，如果运用天气学方法和进一步引进潮汐学方法，对于施文引用的正反史料均可以合理地解释，如康熙二十二年六月二十二日午后澎湖海面涨潮现象，只能用潮汐学上的风暴潮来加以解释。[※注]施伟青再撰文对周翔鹤文提出商榷，指出以台南连降八天梅雨大雨的气候状况来推断闽南在同时期里也出现同样气候状况的看法难以成立，并考证了康熙二十二年六月二十二日午时起澎湖海面潮涨属于正常的潮汐现象，与风暴潮无关，同时认为史学研究可以也应当引进其他学科的方法，但必须坚持以史学本身固有的研究方法为基础，否则就有可能弄巧成拙，事与愿违。[※注]

当时台湾的地位和弃留之争，也是学界关注的一个重要问题。有人认为当时的台湾已经是一个地位极其重要、资源十分丰富的宝岛，在海防上具有重要地位，没有台湾，沿海就不得安宁。有人认为康熙把台湾看成是“弹丸之地”，在弃留问题上拿不定主意，只有施琅一人主留。有的批判弃守论，认为那是荒谬的主张，简直是卖国的言论。陈孔立撰文反对上述看法，认为弃留问题是清朝统治集团从利害关系进行权衡的一次决策性的讨论。弃守论是错误的，但他们也不是毫无道理的。施琅的主张是对的，但他夸大了台湾地位的重要性。而且也不是只有施琅一人主留，在他之前四个月，姚启圣已经向康熙正式提出这种主张。该文用比较的方法说明康熙皇帝对台湾的认识和当时台湾的历史地位，提出康熙皇帝对台湾总的看法是“从全国来看，台湾还算不上是一个重大的问题，但却是一个需要认真对待的问题”，以及“当时台湾的地位并不像后世这么重要”，不要“把康熙统一台湾和今天的现实加以类比”等观点，甚至得出“康熙进取台湾主要是为了消灭政敌，而不是出于统一祖国的美好愿望”的结论。[※注]李细珠认为，如果把整个康熙朝贯通起来，把康熙皇帝对台湾的认识及其理台政策的演变联系起来考察，那么关于康熙皇帝统一台湾的意义就会更加突显出来，诸如康熙皇帝心目中的台湾到底有何种地位，以及康熙皇帝进取台湾除了消灭政敌以外是否还有完成国家统一的追求等相关问题，也就值得进一步深入研究。事实上，康熙皇帝对台湾的认识有一个从模糊到逐渐清晰的过程，而且台湾地位的重要性始终是毋庸置疑的。他从来没有要放弃台湾的想法。早在清郑对峙与议和时期，郑氏就曾多次提出“照朝鲜事例”处置台湾，但康熙皇帝始终没有答应，坚守了国家统一的最后底线。在平定郑氏统一台湾之后，当臣下议论或弃或留之时，康熙皇帝果断决绝地把台湾收归清朝版图。这是由其秉持传统儒家大一统观的政治理念所决定的。可以说，统一台湾是康熙皇帝大一统观在完成国家统一过程的具体实践中不可或缺的重要环节。正因为如此，康熙皇帝的理台政策也有逐渐强化之势。从设置府县，展界开海，到派遣巡台御史，都逐步加快了台湾内地化的进程，从而也使台湾成为大一统中国不可分割的重要组成部分。[※注]

康熙统一台湾的影响与意义，学界一般持肯定的评价。[※注]林仁川、陈支平从经济联系的角度，认为康熙统一台湾是中国大陆和台湾经济上不可分割的必然要求，既适应了大陆经济发展的要求，也是台湾经济发展的必然趋势，同时还是抵御西方殖民者东来，保护中国海上贸易利益的需要，促进了海峡两岸社会经济的进一步发展。[※注]季云飞考察清统一台湾之役善后问题，认为清政府统一台湾初期约五年间，对台湾进行的治理涉及政治、军事、经济等诸领域，其主要举措包括设府置县、驻军设防、安置郑方投诚官兵、奖励攻台有功人员、展界开海等。清政府这些举措，旨在实现中央政府对台湾地区有效的行政管理，促进台湾地区的经济发展和社会稳定，增进海峡两岸的经济发展和社会稳定，促进海峡两岸的经济交流，巩固东南海防。[※注]陈梧桐认为施琅统一台湾，并力促清廷将台湾保留在祖国版图之内，为海峡两岸的往来扫除了障碍。随着大陆特别是福建移民的大量入台，大陆特别是福建流行的语言文字、儒家思想、宗教信仰和风俗习惯广泛传播于台湾各地，台湾的文化与福建文化日趋一致，终于形成一个共同的文化区域。文化的认同，是民族认同的关键因素。施琅在促进闽台区域文化形成方面的贡献和积极作用，应予充分的肯定。[※注]