甲午战争时期，日本侵台时，台湾人民不甘屈服，开展了轰轰烈烈的反割台运动，武装抗日斗争遍及岛内各地。薛军力、徐鲁航合著《台湾人民抗日斗争史》（北京燕山出版社1997年版）和安然著《台湾民众抗日史》（台海出版社2003年版），均有大量篇幅对此进行重点论述。柯平著《反割台抗日运动》（天津古籍出版社2004年版），则是对日军侵台过程及台湾人民反割台运动进行全面论述的专著。

新中国成立初期，台湾人民反割台斗争被纳入中国人民反帝斗争史与革命史范畴之内。来新夏论述了甲午战争以后数年间日本对台湾的殖民占领与血腥屠杀，以及台湾人民英勇反抗的可歌可泣的悲壮事迹。[※注]缪楚黄以台湾中部的游击队为重点，考察了台湾人民抗日游击战争的情况，指出参加游击队的大体有三类人：一是农民和手工业工人；二是流民；三是绅商。他们曾建立游击根据地，与日本兵作殊死战斗，最后因寡不敌众而失败。[※注]陈李田简要论述了台湾少数民族人民在甲午战后日本统治台湾50年间的抗日革命斗争活动，从其是祖国大家庭中亲密不可分的一个成员的角度，论证其抗日斗争是台湾少数民族的觉醒，也正是台湾人民在祖国人民革命影响下，革命斗争进一步向前的表现。[※注]

20世纪80年代以后，每当甲午战争爆发或马关签约逢整十周年、百周年时，都有学者撰文探讨台湾人民的反割台运动。1984年，甲午战争90周年，戚其章把甲午战后保卫台湾之战整个战役分三个阶段进行详细论述，深化了战役史的研究，同时指出台湾人民为了保卫祖国领土的完整，用鲜血和生命在近代中国人民反帝斗争史上写下了光辉的一页。[※注]1995年，马关签约100周年，王汝丰、陈贞寿分别撰文，回顾了日本侵台及乙未割台与台湾人民反割台斗争的痛苦历程，揭示了日本侵略是促使台湾与祖国分离的根源，痛斥了“台独”分子的谬论。[※注]2005年，又逢马关签约110周年，许良国撰文指出，割让台湾是清政府腐败无能之举，也是近代中国积贫积弱的惨痛教训。日军占领台湾的过程，就是台湾军民展现自己英勇不屈精神的流血牺牲过程。[※注]

甲午战后台湾人民反割台斗争以失败告终。季云飞分析1895年台湾军民反割台军事斗争失败原因主要有三：第一，主持台湾防务的统帅唐景崧布防失当，调度乖方，任用非人，治军无方；第二，外无援助，内无捐资，饷尽械绝；第三，台湾文武官员纷纷内渡，军心、民心动摇。归根结底，清政府的腐败无能、卖国图存决定了台湾军民反割台军事斗争必然要失败。[※注]张炜玮分析光绪乙未年间反割台斗争的特点，认为以1895年5月中日烟台换约为界可分为前后两个时期：前期斗争有阶段性、广泛性和局限性特点；后期体现为斗争主体集中、斗争程度深入，民众坚定与官绅动摇，以及斗争孤单导致其必然失败的特点。[※注]郜耿豪、王平平认为，反割台斗争是海峡两岸人民反对日本帝国主义割占台湾和殖民统治的武装斗争。其中，广大的台湾人民在大陆同胞的支持下，积极组织抗日武装，与留台爱国官兵一道，英勇地抗击日本侵略者的进攻。台湾人民的抗日斗争一直持续到抗日战争胜利结束，是中华民族反抗日本帝国主义侵略的重要组成部分。[※注]

台湾人民的反割台斗争既与清政府和大陆人民密切相关，也涉及台湾各阶层人民。关于清政府官员的“结援保台”活动与台湾人民的反割台斗争的关系，黄锡明、陆霄鹏认为，“结援保台”是在和局既定，废约再战已不可能的情况下，转而谋求保台的一种最后抗争办法，其爱国正义性显而易见。它既推动了人民群众的反割台斗争，一定程度上延缓了日本帝国主义对宝岛台湾的侵占，又对台湾人民的抗日斗争起过一定的破坏、瓦解作用，因而具有双重性质。[※注]王政尧论述了《马关条约》签订以后，大陆官员士子及台湾岛内各阶层的强烈反响，特别指出在抗日保台的伟大斗争中当属以徐骧为代表的广大人民和义军最为英勇、最为悲壮、最为惨烈。[※注]荣斌认为，乙未反割台斗争中台湾的官、绅、民作为三股不同的势力交错作用，相互制衡，构成了反割台斗争的整体。作为斗争领导力量的清朝官僚的动摇性和虚伪性使他们擎不起反割台斗争的大旗，有的甚至暴露了贪生怕死的本性，给斗争带来负面影响。台湾士绅虽有强烈的爱国热情，但夹在官与民之间，发挥着不甚彻底的中介作用，一旦大势已去，渐现自保心态。台湾民众在极端困难的条件下坚持斗争，是反割台斗争中最坚定和最顽强的力量，是运动的主力军，但其殊死搏斗并不能扭转失败的定势。[※注]于耀洲详细梳理了清政府内部的部分官员和台湾民众掀起的声势浩大的反割台斗争，揭示了中国朝野双方的互动关系。[※注]陈忠纯以《申报》为中心，分析报刊舆论与乙未反割台斗争的关系，认为《申报》站在台民和中华民族立场上，同情支持台民抗战，其言论着意于倡扬台民的“忠君保台”精神，为台民的自立及成立民主国辩护，声援台民的抗日保台斗争，并塑造、赞扬了刘永福保台护民的英雄形象，提出一些颇有见地的战略战术建议，有力地反驳了《万国公报》等外报对台民抗战的污蔑和指责。特别是《申报》从台民英勇顽强的斗争中，看到了蕴藏在民众中的巨大潜力，预见此乃民族的希望。换约接受后，清廷上层对台湾问题集体失声，《申报》则成为大陆支持台湾抗日的舆论中坚。[※注]

甲午割台后成立的台湾民主国，是台湾反割台运动的产物。对于它的性质，学界有不同的看法。有部分学者认为，成立台湾民主国是搞独立运动，是一种分裂主义行动，只能把台湾人民的抗日斗争引入歧路，而不能使台湾避免帝国主义的奴役。戚其章不同意上述看法，认为“自立”或者“自主”与所谓“独立”有根本性的区别，台湾民主国既不是脱离中国而成为“独立的国家”，也不是另建资产阶级性质的民主共和国，而是一种抗日保台、维护祖国领土完整的应变措施。其在反割台斗争中所起的作用基本上是积极的：一是稳定台湾局势；二是任命官员填补空缺，使台湾抗敌的新体制得以形成；三是组织起台湾义军，并建立了义军与清军联合作战的体制；四是播下了反抗的种子，使之很快发展为席卷全岛的抗日武装斗争。[※注]范启龙也认为，台湾民主国具有保卫台湾、使祖国领土不被日本侵占的用意，并不是搞什么脱离分裂活动。[※注]陈彪进而指出，台湾民主国是亚洲近代史上第一个民主共和政体，不仅是中国人民反对分裂、要求统一的可歌可泣的爱国主义产物，而且是资产阶级化的绅民要求发展民族工商业、追求资产阶级民主的产物。它脱胎于洋务运动，是洋务派集团“御外”政策的必然结果，而它具有的资产阶级属性又使它成为洋务运动的天然对立面，纳入了资产阶级维新运动的轨道，成为两大运动的一个交合点。[※注]徐博东对某些人把台湾民主国与“台独”问题牵扯在一起的论调颇不以为然，通过充分的史实论证，认为以丘逢甲为首的台湾官绅并非在搞自立于祖国之外的“独立运动”，台湾民主国也不是“分裂主义”的产物，恰恰相反，乃是台湾人民反割台爱国斗争深入发展的结果，是在特殊历史条件下被迫建立起来的一种地方性临时抗日政权。[※注]汪志国充分肯定台湾民主国两方面的历史作用：一方面组织抗日武装，沉重地打击了日寇的猖狂气焰，迟滞了日寇侵台的进程；另一方面以崭新的议院制民主共和政体出现在中国历史上，标志着当时先进的中国人政治追求的新高度。[※注]刘雄认为，台湾民主国是中日两国民族矛盾冲突在台湾这一特定省份发展到不可调和地步的产物，既非脱离祖国——中国而建立的“独立国家”，也非近代意义上的资产阶级民主共和政体。通过对台湾民主国成立庆典仪式的分析，刘雄指出，在礼仪已被高度政治化、被确定为维护封建社会统治秩序的政治制度的清代，接受台湾绅民拥戴担任“总统”的唐景崧在庆典上遥向清帝行三跪九叩首礼，而台湾绅民代表则对唐景崧行进见内外王公之两跪六叩首礼，可见当年台湾绅民虽然宣布“自主”，但显然将所成立的台湾民主国界定为清朝皇帝治下的政权，而非与清朝闹分裂、搞独立。[※注]

关于台湾民主国一些具体史实。廖宗麟详细梳理自中法战争以来刘永福与台湾民主国总统唐景崧的恩怨关系，考证刘永福实际上并未任职台湾民主国。[※注]有的学者认为，台湾民主国昙花一现，在历史上仅存12天，即1895年5月25日唐景崧任台湾民主国大总统至6月6日唐景崧内渡、台北陷落为止。徐博东认为这种说法不符合历史事实，台湾民主国一直到10月20日台南陷落为止，总计存在148天，约五个月的时间。[※注]惠翔宇、齐春晓认为，台湾民主国虽然正式成立于1895年5月25日，但这并不是其上限，台湾民主国的上限应在1895年4月中旬前后，最迟不超过4月19日，即清政府通电唐景崧限期内渡之时。1895年10月21日为台湾民主国的历史下限，其时日军攻占台南，台湾全境陷落，刘永福挥泪内渡，台湾民主国彻底败亡。台湾民主国从萌芽到消亡，存在时间长达六月之余。[※注]陈忠纯具体考察了张之洞“援外保台”思路演变及其与“台湾民主国”的关系，认为在乙未前后，署理两江总督张之洞主持南洋防务，多方设法，积极为抵制割台出谋划策，努力争取实现“援外保台”。张之洞及其亲信的反割台活动，引导并推动了台民反割台运动的兴起和发展，“援外保台”的路线和思路，也成为台民自主保台乃至成立“台湾民主国”的路线图。不过，深谙仕途之道的张之洞注意与清廷保持一致，这制约了他对台民的支持。尤其当台民成立“台湾民主国”，超出清廷所容许的界限，张之洞的表现十分矛盾，既想为台民掩饰，又不愿承担责任，最后为保其权位，主动放弃援台活动，未能为台民的反割台斗争做出更多的贡献。[※注]

唐景崧、丘逢甲、刘永福是台湾反割台运动中的重要人物，学界多有论及。唐景崧在甲午战争初期以布政使署理台湾巡抚，成为台湾抗日斗争最高负责人。以往学界对其多持否定态度。邵雍认为，唐景崧在署理台湾巡抚后的各项备战措施在一定程度上增加了台湾军民抵御日本侵略的实力，迟滞了日军侵占澎、台的进度，应当值得肯定。在马关签约以后不久，唐景崧在日军大举攻台面前轻意弃台出逃，其原因是多方面的：从客观上看，得不到大陆的支持是最大的原因；从主观上看，唐景崧当初滞留台湾也不是完全出于自愿。尽管台湾初期抗战失利，唐景崧作为当时最高负责人难辞其咎，但唐景崧在甲午战争中仍不失为一个功过参半的主张抗日的官员。他在清廷决意割台的形势下从容应付，多方筹划，稳住阵脚，惨淡经营，为台湾初期抗战在组织动员、武器装备诸方面作了准备。[※注]季云飞分三个阶段论述唐景崧抗日保台斗争中的表现：一是在反割台斗争之前，他为抗日保台，在人力、物力、财力上做了相应的准备，值得肯定；但由于他自以为是，加上缺乏应有的军事才能，而对全台布防上造成了严重失误。二是清政府割台后，他坚决反对割台，力主毁约、再战、保台，表明他是个具有爱国心和责任感的封疆大吏；他主张联络英、法等国“干涉保台”，以求一线转机，反映了他对列强缺乏本质认识。三是台湾军民反割台斗争开始后，他勉强就任“台湾民主国总统”，做了些顺应台湾军民反割台斗争的有益的事，应该充分肯定；但他最后在台北失陷、整个台湾反割台斗争方兴未艾之际，弃台内渡，给台湾军民反割台斗争带来了极坏的影响。[※注]关于唐景崧留台担任“台湾民主国”总统一事，学界普遍认为唐氏此举实为身不由己、被迫无奈的“权宜之计”，目的是等待机会相机逃跑。刘雄认为事实并非完全如此，由于唐景崧不仅始终坚持反割台立场，对争取列强干预保台颇具信心，且对保护台湾的土地和人民尚存相当程度之责任心，因而决定了他不可能在是否留台的问题上完全以自己的进退得失为唯一考量，也因而决定了他不可能完全以外部因素是否允许自己离台作为决定其言行的唯一准则，可以肯定的是，唐氏之所以答应留台在相当程度上出于自愿。[※注]对于唐景崧内渡的评价，多年来学界一直以否定和批评为主，但也存在着争议。张求会利用当年的另一位亲历者俞明震《台湾八日记》手稿和录存于《姚锡光日记》的俞氏口述，试图探讨陈寅恪对此事的看法。但他发现，这两份材料，十分鲜明地支持了舆论和学界的主调——虽未直接涉及唐景崧是否卷款潜逃，却有力地佐证了唐氏不知军机、鲁莽轻率、用人不当等罪责。陈寅恪既是唐景崧的孙女婿，又是俞明震的亲外甥，是维护前一位尊长的形象，还是肯定后一位长辈的言论？这不能不说是一种左右为难的窘境。在无法凭借突破性的研究成果改写既定的主流观点时，他不得已采取了避而不谈的做法。张求会还发现唐景崧内渡后在给三弟唐景崇的家书中极力为自己辩护，认为也许正是为了摆脱过于巨大的舆论压力，唐景崧才会在家书里再三表明自己的“一片苦衷”，对离台内渡、卷款潜逃各节多有辩解，且欲通过三弟“使都中人知之”。事实上，唐景崧的请托活动一直没有停止。[※注]

丘逢甲是近代台湾著名的士绅。徐博东、黄志平（萍）合著《丘逢甲传》（时事出版社1987年初版、1996年修订版，台湾海峡学术出版社2003年修订版，九州出版社2011年增订版），详细叙述了丘逢甲的生平活动与思想，其中第二章“血与火的洗礼——抗日护台的爱国志士”细致地描写了丘逢甲投笔从戎、创办义军，坚持抗日及事败后挥泪内渡的悲壮事迹。广东丘逢甲研究会编《丘逢甲集》（岳麓书社2001年版），为进一步研究丘逢甲提供了基础性资料。关于丘逢甲在台湾抗日问题，学界有不同看法。有的把丘逢甲的抗日与唐景崧相提并论，说他是“虚声抵抗”；有的说他“利用誓死抗战的口号，骗得人民的拥护，借以瓦解人民截留在台官员的斗争，以便使他们和他们的眷属，得以从容逃走”；有的说“他们抗战是假，逃跑是真，那些抗战的宣言只不过是掩盖逃跑的烟幕”。廖伟章对这些说法提出商榷，认为唐景崧和丘逢甲虽然都是组织、参与“台湾民主国”以抗日的主要人物，但他们的目的、动机及实际表现则大不相同。唐景崧之所以接受“台湾民主国”总统职位，打出抗日旗号，确系如许多论著所指出的，“是掩护官绅及其眷属逃跑的烟幕”。甲午战争爆发后，丘逢甲从保家卫国出发，积极主张抗日，当时尚未出现割台问题，更无官绅及眷属内渡的事，把丘逢甲的抗日与唐景崧相提并论，说是“虚声抵抗”或是“掩护官绅逃跑的烟幕”，显然有违史实。清政府决定将台湾割让给日本后，丘逢甲创议台湾自主以抗日，捐家资组织训练义军，对台湾人民以后抗日是有积极影响的；日军入侵台湾后，丘逢甲率义军在新竹进行抵抗，迟滞了日军的南下，为台南的抗日战备赢得了时间；兵败内渡后，丘逢甲仍念念不忘故土，渴望收复台湾、统一祖国。这些爱国抗日的思想和行动，表明他是一个爱国志士。[※注]关于丘逢甲在抗日保台运动时期的任职，历来说法不一，戚其章指出丘逢甲在台任团练使、内务卿、大将军、副总统，以及副总统兼大将军诸说，皆属以讹传讹之类，实际上丘逢甲确曾为台湾省义军统领。戚其章还具体考察了丘逢甲抗日保台三方面的贡献：一是筹建抗日义军；二是争取外援保台；三是倡导台民自主保台。从这三方面，可见丘逢甲在乙未抗日保台运动中起到过关键的作用，故对于丘逢甲在倡导和推动台湾抗日保台运动中的贡献，必须有足够的认识，并给予正确的评价。[※注]李明和邓晋东都从肯定“台湾民主国”的角度，充分肯定丘逢甲在抗日保台运动中的贡献。[※注]李灿东系统论述了丘逢甲抗日保台的军事思想与实践[※注]，弥补了既往相关研究的薄弱环节。关于丘逢甲抗日保台中颇有争议的一个问题是，日军登陆、台北沦陷后，丘逢甲是随唐景崧之后未战先走还是率部抗击日军，兵败之后才内渡的呢？李祖基考证丘逢甲离台内渡时间为1895年7月26日，距唐景崧内渡的6月4日已有五十多天。尽管丘逢甲没有像吴汤兴、徐骧、姜绍祖等人那样战死沙场，但他还是尽了自己的职责，其抗日保台的立场和态度与唐景崧相比有着本质的不同。[※注]在有关丘逢甲抗日保台各种争议的问题中，离台内渡是焦点，也是评价丘氏的关键。戚其章具体考证丘逢甲离台内渡的时间、离台前的抗日活动及内渡原因、“挟款以去”等方面问题，对于丘逢甲离台内渡的问题得出以下几点认识：一是唐景崧于1895年6月6日离台后，丘逢甲并没有随之内渡，而是带领义军辗转于新竹一带，及见事不可为，乃于7月25日奉父母内渡；二是在此期间丘逢甲率义军与其他义军配合，屡次与自台北南下之日军作战，兵虽败而功不可没；三是丘逢甲支领义粮军饷顶多3个月，合计不过两万余两，本已拮据，捉襟见肘，何来10万两可卷？据考察，台北藩库所少的16万两，乃是被唐景崧汇走，决非丘逢甲领去，丘逢甲“挟款以去”说可以休矣！[※注]张晓辉、付祥喜在戚其章文基础上进一步考证，得出三点结论：一是丘逢甲离台内渡的准确时间应为1895年7月6日；二是丘逢甲并未急应唐景崧求援之电，6月6日唐景崧离台内渡、7日台北城沦陷后，丘逢甲不可能率部北援；三是离台内渡前夕，丘逢甲一行四五十人仅携带纹银4000余两，又据考察，“台湾民主国”成立后，唐景崧曾分次汇走台湾藩库存银共36万两，所谓16万两库银下落不明之谜至此可解，而丘逢甲“挟款以去”乃讹传。[※注]

刘永福是领导台湾军民抗日保台的著名将领。施宣圆、吴树扬具体论述了刘永福领导的反割台斗争所经历的三大战役：新竹之战、台中彰化之战、嘉义台南之战，认为在艰苦卓绝的斗争中，刘永福身先士卒，团结友军，积极筹饷，坚持抗战，表明他不愧是这场反割台斗争中的优秀领导者和组织者。关于刘永福在台湾尚未全部沦陷时提前内渡，施宣圆、吴树扬认为并不是逃跑，通过具体分析其内渡的原因，指出刘永福是在大军压境、弹尽粮绝、内外交困、走投无路的形势下离开台湾，回到大陆的。[※注]季云飞考察刘永福反割台斗争的军事思想，认为刘永福结合反割台斗争实际，提出了“台北重点设防”的防务思想，“筹军饷为第一着紧要之事”的军事后勤思想，“相互援助”“兵民一气”的作战思想，“招抚土匪”以化消极力量为积极因素的斗争思想。与此同时，刘永福竭力将这些思想付诸反割台斗争实践，并取得了一定的成效。[※注]郑以灵认为刘永福在反割台斗争中的表现是守土抗战于前，临危变节脱逃于后，并具体分析了这种矛盾表现的原因，得出结论：“视刘永福为‘反帝斗争中的民族英雄’的评价，与刘永福的功过不甚相称，认为刘永福是中国近代史上一位杰出的爱国将领、台湾人民反侵略史上的一位伟大战士，似为更妥。”[※注]吴小玲则认为，刘永福在保卫台湾、抗击日本侵略势力的斗争中立下了不朽功勋。在反割台斗争中，他是留在台湾的清朝最高官员，战场上的全权总指挥；他制定了抗日保台的战略方针，在战场上给予日军沉重打击。虽然他没有能够坚持到抗日斗争的最后，但在这场中国近代史上最为壮烈的民族斗争中，他站在了斗争的最前线，为抵御外来入侵，保卫祖国领土完整竭尽全力，是中国近代杰出的民族英雄。[※注]

其他相关人物，学界也有所涉及。汪金玉简单论述了义军首领徐骧为保卫台湾而捐躯的事迹。[※注]桑兵、李华川关于陈季同的论著都涉及其与“台湾民主国”的关系。[※注]康化夷、康咏秋合著《黎景嵩与乙未反割台斗争》（湘潭大学出版社2011年版），系统论述了台湾知府黎景嵩反割台斗争的经历，弥补了相关研究的薄弱环节。

关于台湾反割台运动的后续研究。台湾内渡士绅，是乙未割台后内渡大陆的一个特殊“地域历史人群”，是闽台、闽粤近代关系研究中一个不可忽视的社会群体。作为台湾社会的精英人物，内渡之后，他们积极融入当地社会，与近代中国社会的剧变紧紧相扣，渐次实现人生转型，最终在近现代政治、经济、文化、科技等方面涌现了一批可圈可点的优秀人才。桑兵考察了台湾民主国内渡官绅的主要成员唐景崧、丘逢甲、刘永福、俞明震、陈季同等，在庚子年间均不约而同地在不同程度上参与了各派的勤王密谋。[※注]赵春晨详细考证了丘逢甲参与庚子两广武装“勤王”密谋的史事，并分析了丘逢甲这一时期的思想倾向、政治态度及其与康梁保皇会的关系，指出丘逢甲在庚子“勤王”中蛰伏未动的原因，既有客观因素，也有与康有为等人不能完全合拍等主观原因，不能将其简单归结为丘逢甲的家事拖累所致。[※注]李祖基论述了丘逢甲内渡后兴学育才、行教育救国之道，以及由拥护变法到转向革命的事迹。[※注]关于丘逢甲与维新派领袖人物康有为、梁启超、黄遵宪及南洋华侨丘菽园的关系，也有学者专文探讨。[※注]郭权研究了台湾内渡士绅施士洁逐渐融入福建泉州、厦门社会的典型案例，认为施士洁迁居厦门后供职于厦门商务总会，完成了由名绅向绅商的转型。在厦门商会的帮助下，施士洁出任厦门周边的马巷通判，代表着商会权力向地方政权的延伸，是绅商阶层在近代政治舞台上的一次尝试。[※注]这方面的研究，有助于加深海峡两岸互动关系的认识，值得进一步拓宽研究视野，进行多角度的深入探讨。

总之，关于清代台湾史，以往学界已有相当多的研究，大概是台湾史各个研究领域相对较为深入的部分。倘要进一步研究，有两点值得注意：其一，学科界限的突破。以往学界以鸦片战争为界标，把一部清史腰斩为古代史与近代史，这便使清代台湾史研究自然分为前后两个时期，并自觉或不自觉地分属于清史与近代史两个领域，明显缺乏前后一气的贯通。这不但使嘉道时期台湾史成为“两不顾”地带，研究相对薄弱，而且从清史与近代史的角度看台湾史，不同的角度，自有其不同的认识，也可能会有难以对接的地方。尤其是晚清台湾史，如果从清史的角度看，可能会强调清政府理台政策由消极转向积极，尽管最终不能保台，但也只能对清政府的努力抱以惋惜之叹；如果从近代史的角度看，则可能会更多地看到清政府的腐败无能，对列强不断妥协退让，最终屈服于日本侵略者，因而对清政府持强烈的批判态度。如何把清史与近代史有机地结合起来，是进一步研究清代台湾史值得努力的方向。其二，新史料的利用。清代台湾史在过去相当长时期内确实是学界研究的重点领域，但近来有明显降温趋势，由于历经多年的积累，成果丰厚，出现阶段性的“瓶颈”问题。[※注]近年来，大陆地区第一历史档案馆、台北“故宫”与中研院史语所有关清代台湾档案的系统整理，出版了三套大型史料集：（1）中国第一历史档案馆、海峡两岸出版交流中心编《明清宫藏台湾档案汇编》（230册），九州出版社2009年版；（2）台湾史料集成编辑委员会编《台湾史料集成》系列丛书四种，即《明清台湾档案汇编》（110册）、《清代台湾关系谕旨档案汇编》（9册）、《清代台湾地方志汇编》（28册）、《台湾总督府档案抄录契约文书》（35册），远流出版公司2004—2009年版；（3）刘铮云主编《中研院历史语言研究所藏内阁大库档案台湾史料汇编》（目录、索引、DVD光盘片），中研院历史语言研究所2012年版。这是进一步开展清代台湾史研究的良好的学术基础。