日据初期，台湾抗日武装斗争之所以得以坚持和发展，是与它同福建省的密切联系及来自对岸的支持分不开的。台湾总督认识到：“欲收岛民统治之全功，其着眼点不唯在岛内之镇压与民心之收揽，必采取如下方针，即注意对岸福建省特别是厦门的民心，察其趋向，反过来谋求岛民之安堵，以达统治之目的。”这引发了总督府“对岸经营”的政策导向。[※注]

面对台湾人民的反抗，日本殖民者采取了镇压与招降等多种手段。对台湾抗日武装的安抚、诱降早在桂太郎、乃木希典总督时代就已出现，那时是小范围试探性的实施。儿玉源太郎时期，在民政长官后藤新平的主持下，招降规模扩大。日本殖民统治初期台湾人民武装抗日斗争虽为台湾史研究焦点之一，但概为维护抗日义军的形象，早期抗日斗争中抗日武装集团的“归顺”问题在较长时期内被研究者忽略。陈小冲指出，大规模招降的实施主要是因为日本殖民当局的暴力镇压并未收到多大成效，它不但激起台湾人民的加倍反抗，也引起国际社会的谴责，导致日本国内对台湾总督府治台政策及相关官员能力的质疑。因此，儿玉、后藤面对台湾抗日武装集团苛刻的归顺条件，也能照单全收。但这种让步并不意味着日本殖民者的损失，经历“归顺”后抗日武装内部情况被暴露，武装力量削弱。日本殖民者利用时机重新部署兵力，对“归顺”后的武装力量进行讨伐。1902年林少猫被害，日据初期台湾人民抗日武装斗争告一段落。[※注]

辛亥革命准备时期，台湾同大陆人民在爱国与革命运动中遥相呼应、互相支持，但同时亦应注意到，革命党人不敢公开反对帝国主义，且对统治台湾的日本殖民者抱有不切实际的幻想。辛亥革命前台湾与大陆资产阶级革命运动的关系，明显地带有个别的自发的性质。不论是兴中会或同盟会，都没有认真考虑过在台湾开展革命活动的计划。革命党人对台胞的抗日虽十分同情，但不敢公开支持，这是中国民族资产阶级的软弱性的具体表现。辛亥革命后，台湾以农民为主体的“驱逐日人”“光复台湾”武装斗争的新高潮，是在大陆资产阶级革命影响下促成的。而罗福星起义，则是资产阶级革命党人直接领导的反抗运动。这与过去单纯自发的农民反抗斗争，已有所区别，是属于孙中山领导的国民革命的有机组成部分。早期国民党人中，除了孙中山外，还有人长期参加和关注台湾革命，但学界未予公正的研究。陈在正指出，林森在台十余年，并两次参加台湾的抗日活动，这段经历，对其以后的思想、行动都产生很大影响。[※注]

第一次世界大战期间及以后，关于台湾同化会和议会设置运动，20世纪70—80年代的研究主要侧重于阶级角度，认为随着经济力的增长，地主资产阶级开始以改良主义者面貌出现，这是台湾近代历史上的第一次。林献堂是其代表。初期台湾地主资产阶级改良主义运动主要在他领导下展开。[※注]

对于台湾同化会，一些似是而非的观点长期流行，如认为：板垣退助是殖民同化运动的元凶；台湾士绅参与同化会是一味附和日人；同化会是一个只会向日本殖民者磕头作揖的团体等。对此，陈小冲有不同看法，他认为，板垣倡导的同化是：在使台湾人靠向日本的同时，也应当给予他们相应的权利和待遇，这种观点并不为总督府所接受。板垣的同化论没有在台湾发生作用，说他是台湾同化运动的元凶并不符合实际。林献堂参加同化会目的是“希望日本政府对台人松弛压力，能放宽束缚，俾台人得减轻痛苦”。林献堂等人为代表的部分台湾士绅及青年学生所追求的目标则与板垣大相径庭，这种“同床异梦”导致同化会很快被总督府所分化。仅一个多月时间，总督府便寻借口将其解散。但1914年末至1915年初昙花一现的同化会开创了以合法手段争取政治权利的新的斗争方式，并诞生了台湾民族运动的新的领导者和骨干力量，为日后台湾民族运动做了组织上的准备。同时，它促成了台湾民族运动总目标的确立。同化会的失败，使台湾士绅和青年知识分子意识到，总督专制统治和日本人对政治经济资源的垄断是台湾人受压迫的症结所在，而总督专制统治的法律依据即“六三法”，使台湾人丧失发言权。由此开始了以撤废“六三法”为近期目标，以设立“台湾议会”为长远目标的斗争。这些是同化会积极的影响。[※注]

在1927年分裂前夕，台湾文协领导层内部大体分化为三种力量：右翼以林献堂、蔡培火等地主资产阶级分子为代表，站在改良主义立场，幻想在日本统治下实现其所谓“地方自治”；左翼以连温卿、王敏川等社会主义知识分子为代表，主张进行阶级斗争，以彻底推翻日本统治；以蒋渭水为代表的小资产阶级知识分子，则于两者之间，主张以当时实行农工政策的中国国民党为榜样，进行以农工阶级为基础的民族运动，其分裂不可避免。[※注]文化协会的分裂并不是一两个人阴谋或篡权行为所导致，而是内部路线斗争的结果。[※注]

1927年成立的台湾民众党是台湾历史上第一个具有现代性质的政党，它曾经历一次大分裂，导致日本殖民者乘机将其取缔，使台湾民族运动中挫。陈小冲认为分裂原因，除日本殖民当局的镇压策略运用外，最根本的还在于民族运动的内部矛盾，尤其是围绕台湾民族运动中要不要开展阶级斗争这一问题。该党成立之初主张阶级调和，但在台湾工农运动推动下，党的政策逐渐“左”倾，转而主张在民族运动中同时开展阶级斗争，与代表地主资产阶级利益的党内稳健派产生根本性冲突，最终导致分裂。[※注]

台湾民众党主要人物——蒋渭水信奉中山学说，同时也受到新文化和社会主义思想的影响。他的成长与抗争的历程从一个侧面反映了台湾民族运动的历程。他舍弃富足生活，挺身领导救亡运动，并为之献身的经历验证了这样的历史：参加民族运动的台湾各阶层人士无论出身、经历、思想有何不同，都在为摆脱日本殖民统治而探寻出路。[※注]民众党曾展开鸦片反对运动，并通过各种途径使国际社会关注台湾的鸦片之害，国际联盟调查委员会甚至为此派员到台湾调查，使台湾总督府不敢再一味因循消极放任态度，开始采取一些积极的矫正和治疗。[※注]

关于20世纪20年代初至30年代中期的议会设置请愿运动，钟安西指出，林献堂提议摒弃台湾自治的口号，而争取民族自治的实质内容——台湾议会的设置，真实意图是：“以停止撤废六三法来阻绝内地延长，以设置议会来削夺总督权力，在不刺激日本政府下，取得实际民族自治，含着意在言外，绵里藏针的意思。”因感于时势多艰，所期目标难以一蹴而就，须留有进退余地，不便在时机没有成熟时率尔托出真意，招致当局扼杀。请愿者仅在第八次请愿后某些比较有利的时机在舆论上明确提出要求设置独立的自治议会，其余时候均隐约其词，带有弹性。此次台湾民众在特殊环境下以特殊方式反抗日本殖民统治、争取民族自治的爱国运动虽终告失败，却产生了不可抹杀的意义。[※注]该运动从根本上说是殖民地台湾的知识分子和部分上层人士要求实行民族自决、削弱以至摆脱日本殖民统治的政治运动，最终实现台湾民众回归祖国的愿望，“从一开始就蕴含了必定要失败的结局”。[※注]陈小冲对该运动民族自决的目标不认同，认为该运动从本质上说，属于改良主义运动，即使他们的愿望实现，台湾人民仍摆脱不了受压迫的殖民地“二等公民”地位，充其量如英国殖民统治下的印度，与真正的民族自治，还相距甚远。[※注]

有台湾学者分析参加议会设置请愿的签名问题，对台湾议会设置请愿运动的群众基础提出怀疑。[※注]陈小冲提出不同见解，认为仅摘取几个孤立数字去判断台湾议会设置请愿运动的群众基础是不够的，重要的是要看社会上广大群众的响应程度和群众对这项运动支持的“持续性”如何。[※注]

1928年4月15日，台湾共产党在上海成立，成为台湾共运一件大事，但在相当时期内学界对于台共的研究并不深入。台共正式名称为日共台湾民族支部。由于台湾当时是日本的殖民地，共产国际决定台共在组织上隶属于日共，接受日共领导。但因日共党组织屡遭日本政府破坏，台共和日共关系中断，台共实际上更多是在共产国际东方局和中共指导下开展活动的。不仅台共的成立、起落受到中共影响，其瓦解亦然。1931年，在陷于“左”倾机会主义的中共影响下，台共开始犯“左”倾冒险主义和盲动主义的错误，羽毛未丰就过早地暴露，最终导致台共的瓦解。[※注]台共领导岛内人民反抗日本殖民统治的斗争，本质上是中华民族反帝反封建民族民主革命的一部分，台共与中共有着密不可分的关系。[※注]有研究进一步指出，台共解体固然受中共影响，而中共又受到共产国际在20世纪30年代急剧“左”倾的影响，如此链条作用促成台共斗争的失败。[※注]台共曾在政治大纲中提出“台湾民族”“台湾独立”“建立台湾共和国”等问题，这些问题成为争论焦点和敏感问题。宋帮强指出，台共政治纲领中的“台湾民族论”并不能成立，它是日共忽视了台湾的特殊性而生搬硬套列宁的民族殖民地理论的产物。台共政治纲领中的“台湾独立”的真实内涵是指台湾摆脱日本统治的“独立”，先自我解放，然后再回归祖国。[※注]

大陆学者系统研究台湾共产党的著作是宋帮强的《日据时期台湾共产党研究》。[※注]台湾共产党的成立，适应了台湾人民反日抗殖斗争不断发展的形势和时代的要求，也是台湾马克思主义知识分子形成的必然结果。虽然台共在台湾存续的时间短，但台共领导的斗争历史，使台湾经历了共产主义思想和运动的洗礼，一代马克思主义知识分子经受了锻炼，对台湾社会历史的发展产生深远影响。[※注]杜继东研究了台共重要人物蔡孝乾，认为蔡孝乾与台共的关系尽管只维持了几个月，却影响到谢雪红与翁泽生的关系，加深了翁、谢之间在建党初期就已存在的误解和矛盾，是造成台共内讧的因素之一。这些内斗严重影响了台盟的发展，伤害了在大陆的台湾同乡之间的感情，造成了长久难以弥合的心理鸿沟。[※注]

台籍精英不断寻求摆脱日本殖民统治之途，曾谋求有限的台湾自治，而未能如愿。抗日战争爆发后，台籍精英投身祖国抗战，认识到台湾解放的出路在于回归祖国，因而发起复省运动，褚静涛探讨了其中的探索与转变过程。[※注]

与台湾民主国相似，日据时期部分反抗日本殖民统治的活动曾为“先独立，后回归”而提出“台湾独立”的主张。20世纪80年代以来，“台独”理论者出于意识形态需要，对反抗运动史进行片面的解读，认为台湾人追求“独立”的历史可追溯到20世纪20年代。[※注]他们认为日据时期台湾人与祖国的关系建立在想象的基础上，荆子馨进而提出：“台湾与中国的关系不是想象的（imagined）共同体而是幻想（imaginary）的共同体。”[※注]对于此类论断，大陆学界提出不同看法。陈小冲指出，日据时期台湾人开展所谓“台湾独立”运动实际上是“殖民地人民反抗和谋求摆脱殖民宗主国统治的正义斗争”，是针对日本殖民者的，并且所谓的“台湾独立”仅仅是“走向与祖国相结合的一个步骤”而已。[※注]

在台湾历史上，曾出现过主张“台湾独立”“台湾自决”的日据时期抗日自救运动，也产生了战后海外台独运动。鉴于历史和现实原因及海外台独运动的有意混淆，有些人对两者关系产生模糊认识。林劲指出，日据时期台湾抗日自救运动是台湾人民在遭受日本帝国主义侵略，祖国无力援救的特殊历史条件下，主张台湾“独立”“自决”的正义解放运动。虽以“独立”“自决” “自治”为斗争目标，但始终坚持“中华民族主义”。“台独”运动虽借用抗日自救运动提出的“台湾独立”“台湾解放”“自立”“自决”“台湾是台湾人的台湾”等口号，但其谋求台湾脱离于祖国之外的意图是与日据时期抗日自救有着本质区别的，两者也没有一脉相承的关系。[※注]许维勤亦指出，台胞在大陆所倡导的“台湾独立”的抗日理念，严格地说是限定于从日本殖民统治之下争取独立，而不是抽象的；这种独立是与争取回归祖国相并列的，二者不可割裂。[※注]

另外一些通论性论文也佐证了上述观点，陈在正对台湾人民为摆脱日本殖民统治、争取台湾回归祖国的英勇斗争进行了系统梳理。[※注]季云飞认为，台湾人民反抗日本殖民统治的斗争形式和内容，随着台湾岛内对敌斗争形势变化而变化，同时也受制于祖国大陆革命形势变化而变化。台湾人民的反抗日本殖民统治斗争的成败与大陆民族民主革命斗争的成败休戚相关。[※注]

大陆学者安然2005年在台湾出版了《台湾民众抗日史》一书，继20世纪90年代薛军力、徐鲁航的《台湾人民抗日斗争史》[※注]之后，再次全景式地展现了台湾民众在“孤悬海外”的艰苦岁月，苦守“汉节”的赤子之心。它充分注意到台湾人民的抗日斗争，时刻与祖国命运连在一起，把回归祖国视为历史的必然归宿，这与此前成果的观点是一致的。它认为日本侵略中国有深刻的历史原因，根源是日本的军国主义野心，日本对台湾的觊觎与其侵略扩张史同步。故该书上限始于14世纪末，日本形成倭寇、侵扰中国沿海之时，下限为第一次世界大战后台湾民众与日本复活军国主义做斗争为止。虽然该书主体为日据时期台湾民众的反抗，但前后追溯达四百余年，从较高视野展现出日本侵台、台湾民众抗日等历史问题的历史背景和脉络，并对战后“保钓”运动、“慰安妇”索赔等台胞反抗日本的活动进行了论述。[※注]厦门大学出版的《李万居评传》[※注]是大陆研究抗战时期在大陆的台籍人物的代表性著作。此外，也有一些通论方面的文章。[※注]

2008年，由中国社会科学院台湾史研究中心等单位联合主办的“林献堂、蒋渭水——台湾历史人物及其时代”学术研讨会在河南开封召开，这是在大陆召开以日据时期台湾著名历史人物为主题的研讨会，有助于推动这些倡导台湾政治运动的重要人物的学术研究。有学者认为，民族主义和改良主义交汇于林献堂一身，这种看似矛盾的现象并存于林献堂身上，所反映的正是殖民统治下多数台湾士绅的生存实态。[※注]受政治因素变化等方面的影响，世人对蒋渭水的定位在不同时代是有分别的。[※注]