按照南京大学教授方之光的说法，2001—2008年，也就是在他担任太平天囯史研究会会长的八年间，是太平天囯史研究的低潮期。但就在此低潮或困难的时期，依然有一批学者坚守在学术研究的前沿，为太平天囯史的研究和传承作出了自己的贡献。

复旦大学中文系教授潘旭澜于2000年出版了他论述“太平军”的杂文汇集《太平杂说》，总计35篇短文，从头到尾充斥了对太平天囯的攻击。[※注]2001年4月在上海举行的“太平天囯与江南社会学术研讨会”上，太平天囯历史博物馆研究员张铁宝对潘旭澜全面否定洪秀全与太平天囯进行了中肯的学术批评，他指出：太平天囯资料浩如烟海，仅仅根据《贼情汇纂》《李秀成供辞》和英国人写的《太平天国天京观察记》等三种资料，“就可以了解太平天国本来的面目”，显然是片面的，是不可能得出正确结论的。潘旭澜的这部仅15万字的杂文汇集，共有19处称太平天囯的宗教为“邪教”。[※注]

无独有偶，史式也在其《让太平天国恢复本来面目》[※注]一文中称太平天囯为“邪教”或“邪教集团”。他从古今中外的各种邪教归纳出五大共性，大致是：1.常以世界末日来吓人，并许诺信教可以逃避灾祸，进入天国；2.装神扮鬼，特别是吹嘘教主能知天意，能与天神沟通；3.都需要敛财；4.为了保证自身的生存和发展，无不对入教者加以严格控制；5.教主都是淫棍，年轻的女教徒都是他们的猎物。该文最后的结论是：

如果说潘旭澜作为“隔行论史”者对太平天囯仍有较多的隔膜，史式作为研究太平天囯多年的学者而持此说就颇具杀伤力了。

其他研究者都不赞成“邪教”之说。

戴逸认为：判断拜上帝会是不是邪教，不能只看它的外部特征，还要看它当时所发生的历史作用。当时社会上阶级关系十分紧张，下层人民不能照旧生活下去，迫切需要一种思想武器和组织工具来动员和凝聚分散的人民群众，参加斗争，促进农民起义的顺利发展。拜上帝会起了这样的历史作用。不是宗教制造了农民战争，而是农民战争的到来利用宗教加速和促成了起义。因此判断宗教的性质必须根据当时农民战争的性质。凡是承认太平天囯是一场正义的反压迫的农民战争的，就不能把拜上帝会视为邪教。[※注]

李文海在其《为什么不能把太平天国的上帝教看作“邪教”》一文中较为系统地评介了夏春涛《天国的陨落——太平天国宗教再研究》一书，他指出：要能正确地、客观地评价太平天囯，首先要辨清太平天囯的上帝教究竟是不是“邪教”？正因为这样，《天国的陨落》在对上帝教的各个方面进行全面剖析的基础上，作为全书总结的“结束语”只集中写了一个问题，问题叫作“太平天囯宗教‘邪教’说辨正”。该书首先从讨论“邪教”的定义入手，认为应该分清楚现今所界定的“邪教”同历史上封建统治阶级对民间宗教贬称为“邪教”的区别。按照我国权威的法律文书的定义，“邪教”不是宗教的某个教派，而是冒用宗教名义、披着宗教外衣的非法组织、犯罪集团。《天国的陨落》在回顾了历史之后指出，“邪教”是“一个在我国沿用已久的传统概念，旧时是对民间宗教的一种贬称”。“民间宗教之所以被指斥为‘邪教’，主要有宗教和政治两方面的因素，而以政治因素为主。”“统治者历来重视对正统宗教的利用，以钳制人们的思想和行为，强化宗教对社会的控制功能。也正因为如此，在正统宗教与民间宗教的所谓门户之争中，官方通常站在前者的立场，斥民间宗教离经叛道的教义为异端邪说，视以结社拜会形式组建的民间教门为煽惑叛乱的异己力量，采用严刑峻法来加以取缔和镇压。”该书指出：“上帝教是较为典型的一种民间宗教，但同时又具有与以往迥然不同的一些特点，标志着在西方基督教的渗透下，近代民间宗教所发生的新与旧的代谢。”该书强调指出：“与清代民间教门和秘密会党相比，上帝教所信奉的独一真神信仰无疑是一种历史进步。正是借助于威严刚烈、权能无限的上帝形象，洪秀全才得以有效地统一号令，汇聚力量，整肃军纪，使金田起义的星星之火迅速形成燎原之势。”

李文海的评介文章最后说：

章开沅在其《从清史编纂看太平天国》一文中亦有专节谈及邪教的争论。他指出：宗教区分正邪是一个十分复杂的问题。基督教的办法曾经非常简便，就是由教廷说了算；但只有异端与异端分子之称，并无邪教的说法。“邪教”是中国历史文献上的固有名词，中国传统所谓“邪教”，与欧洲中世纪基督教所谓“异端”大体相近，即主要还是从政治方面着眼。凡被认为对其统治（包括教权与治权）构成威胁者，均称为“邪教”。至于现时人们对“邪教”的定义，即邪教对正常社会秩序造成严重威胁和破坏，是披着宗教外衣，带有强烈政治色彩，具有反科学、反社会、反人类、反政府性质的犯罪集团。这种表述含糊不清之处太多。首先是反科学，试问世界上哪有什么不反科学的宗教，因为宗教信仰从终极而言必然是与科学相对立的。其次是反社会、反政府，问题是反什么样的社会和什么样的政府？如果是黑暗社会和反动政府，难道不应该反吗？所以真正可以辨别正邪的依据只剩下一个无所不包的反人类，而反人类一词本身应该也是必须有严格界定的。

章开沅的结论是：不赞同把邪教一词引入宗教性质判断，因为它本来就是一个政治性词语；更难以苟同把上帝教贬为邪教。上帝教虽然受基督教很多影响，而且大量利用基督教的许多教义与仪式，然而却很难把它视为基督教的一支，它无非是带有某些基督教色彩的中国土生土长的民间宗教之一。

张海鹏在其《关于太平天国是否邪教的一点思考》一文中强调：关于太平天囯是邪教的说法，只是近年以来所出现的历史虚无主义和否定思潮的一种表现。他个人尊重这些研究者发表自己见解的权利，但是不能赞同他们的观点。他认为：洪秀全往往有很多宗教语言，但是太平天囯的政治行为往往体现出更多的世俗倾向。太平天囯的政治理想是斩邪留正，把天上的天国搬到地上，建设地上的小天堂，建设新天新地新社会。因此，对太平天囯在历史上的作用的估计，不能被其宗教外衣蒙蔽了。单纯地用“洪秀全的政治性邪教”的说法，完全曲解了洪秀全的本意，也曲解了太平天囯的本质。

在笔者看来，指斥太平天囯为“邪教”，其实对太平天囯本身并无伤害。因为对于统治者来说，作为叛逆的造反者的太平天囯，其“罪行”要远较所谓的邪教大得多。仍以清王朝为例，还在嘉庆十九年，刚刚镇压下天理教起事的嘉庆帝，即曾下诏强调，“但诛叛匪，不诛邪教。……其平日虽系习教，而此次并不谋逆，亦不深究”，并要求“刊刻简明告示，广为晓谕”[※注]。由此可见清王朝对待造反的“叛匪”和并不造反的所谓“习邪教者”在政策上是有着根本的区别的。

除了所谓的“邪教”说而外，潘旭澜还有一个新奇的观点，概括起来大意是：只有太平军，没有“太平天囯”。他在题为《应当正名》的文章中说：

《应当正名》是其《太平杂说》一书的第一篇文章，它和收入此书的其他34篇文章，目的只有一个，就是全盘否定洪秀全和太平天囯。

夏春涛为此十分愤慨地批驳道：

其实早在太平天囯存在的当时，就已有英国外交官批驳了类似潘旭澜的见解：

夏春涛《天国的陨落——太平天国宗教再研究》一书出版于2006年，是迄今对太平天囯宗教考察分析最为详尽深入的学术论著。[※注]王庆成为该书所写的“序言”指出：这部著作“并不单纯地就宗教论宗教，而是透过宗教对太平天囯的政治、经济、文化、外交等方面的影响，对宗教与太平天囯的兴起和失败的关系，都作了相应的连带研究，有较充分较深入的论述。所以，这本书实际上超过了它的书名所示的范围，在一定程度上是涉及太平天囯全部主要历史的著作”。

夏著所提出的一些论点也引起了争论。比如“拜上帝会”问题，夏著坚持认为“拜上帝会”说不能成立。他分析简又文所据韩山文原文，以及其他外文报道多作“上帝会”的记载，推断“拜上帝会”含义与“上帝会”是一致的，他得出的结论是：冯云山创立的宗教组织名为“上帝会”而非“拜上帝会”。[※注]

夏著显然回避了茅家琦早就指出的“拜上帝会”不是太平天囯的自称而是他称的事实。笔者于此问题的看法是：不管是“拜上帝会”还是“上帝会”，都没有任何太平天囯自身文献的支撑，因而不可能是自称而只能是他称。之所以有加动词“拜”和不加动词的区别，是因为广西当地人对于加入会党者，向有“拜会”之说。如加入天地会，便说是“结拜添弟会（天地会）”[※注]；加入三点会（天地会的别称），通常也说成是“拜三点”[※注]。而对于在会之人，通常在后面再加一“的”字，如《太平天囯起义调查报告》中，即记有老人讲“拜上帝的”与“拜三点的”区别。《李秀成自述》中，也多次提及“拜上帝人”或“拜上帝之人”。笔者在有关太平天囯的论著中对于这一“他称”的处理办法是从习惯，在提及拜上帝之人的组织时，仍称其为“拜上帝会”[※注]。

路遥在《关于太平天国宗教研究的几点思考》一文中也对“拜上帝会”有所辨析。他说：

太平天囯宗教与基督教既有联系又相区别。其至为关键的转捩点是1848年冯云山被羁押桂平县狱。在此之前，洪秀全还是只想做个正统的传道牧师，他所传播的教义至多不过是较《圣经》稍有“走形”而已；而在杨秀清、萧朝贵相继假托天父天兄下凡之后，他们便共同携手，从此走上了有自己特色的“地上天国”的道路。

太平天囯宗教到底是叫“拜上帝教”还是“上帝教”？路遥的论证另辟蹊径，使读者颇受启迪。他说：

但夏春涛仍坚持称其为上帝教。他对上帝教与基督教的区别有如下解释：

王国平研究基督教及太平天囯宗教亦颇有心得。针对史学界有学者提出：应该根据太平天囯的自称，将“上帝教”（或“拜上帝教”）改称为“天教”。[※注]他在《太平天国的“天”和“天教”》一文中对所谓“天教”问题进行了认真的梳理。在考察了各种有关太平天囯宗教的文献之后，他总结道：

最后他援引洪仁玕亲书供词中“虽敬奉耶稣，却与外洋的天主教、辨正教微有不同，究有孔孟敬天畏天一样道理”的说法，得出结论：“尽管上帝教含有儒学‘敬天畏天’的‘道理’，但也只是使上帝教与基督教‘微有不同’而已，而不是相反。说到底，上帝教仍然只是基督教的一个异端派别或边缘教派。”[※注]

王国平对太平天囯政体是否为神权政治也有所辨析。他的《太平天国政体与“神权政治”》[※注]一文就所谓的神权政治问题对太平天囯前后期政权结构发展变化的影响作了进一步的论证。文章认为：

由于特殊的历史条件所决定，从形式上看，太平天囯前期确实表现出神权政治的特点，其主要特征和表现就是东王握有神权，而天王为一国之君，东王所掌握的神权却凌驾于天王代表的政权之上；但就政权的日常运作而言，太平天囯又表现出非神权政治的特点，其主要特征和表现就是东王府的政权功能，政权实际运作全在东王府。所谓“虚君制”的说法正表明这一关键点，即东王既掌握着最高神权，又实际上掌握了最高政权，神权与政权合一，掌握于一人之手，就实质而言，太平天囯前期又确实表现出非神权政治的特点。

1856年的天京变乱解构了太平天囯前期的神权与政权结构，太平天囯后期，神权握于洪秀全一人之手，天朝宫殿（俗称天王府）成为中央政府所在地。这样，天王既掌握着最高政权，又掌握了最高神权，神权与政权合一，依然掌握于一人之手，在这个意义上说，太平天囯后期完全表现为非神权政治的特点。因而从总体上说，“无论是在太平天国前期还是后期，太平天国的政体都不是神权政治，它所表现出来的复杂现象，不过是扑朔迷离的神权政治的幻影”。

这一时期出版的有关太平天囯史的论著，除了上述夏春涛、王国平的两种外，较为重要的还有：崔之清主编的《太平天国战争全史》全4卷，南京大学出版社2002年版，计216万字。崔著的若干内容，原已纳入茅家琦主编的《太平天国通史》，因逢南京大学百年校庆而得以全貌出书。但因出自多人之手，该书的风格前后并不完全一致，作者的功力也各有高下。姜涛主编的《中国近代通史》第二卷，江苏人民出版社2007年1月初版，2009年9月重版，计61.5万字。姜著为张海鹏主编的10卷本《中国近代通史》中的一卷，内容为两次鸦片战争与太平天囯革命。其中的太平天囯史部分由姜本人撰写，约占全书篇幅的三分之二。该书虽为通史性质，但融入作者多年研究的心血，亦颇有其心得和创获。此外，朱从兵撰著的《太平天国文书制度再研究》，亦于2010年10月由合肥工业大学出版社出版。

这一时期出版的还有两种重要的太平天囯文献资料。一是由王庆成主编的《影印太平天国文献十二种》，中华书局2004年版。该书收入英国图书馆收藏的太平天囯文献10种和台北故宫文献馆收藏的干王洪仁玕亲笔文书、幼天王洪天贵福亲书自述等，其中对研究其早期历史最为重要的是《天父圣旨》与《天兄圣旨》。而于研究太平天囯败亡时的历史有重要价值的无疑是洪仁玕的亲笔文书和洪天贵福的亲书自述。一是罗尔纲、王庆成主编的《中国近代史资料丛刊续编：太平天国》（共10册），广西师范大学出版社2004年版，全书计354.3万字，分为太平天囯文献、清方记载和外人记载等3个部分。这部“续编”的太平天囯文献部分，收录了到当时为止所有新发现的太平天囯自身文献。清方记载部分，实际上是罗尔纲所主持的《太平天国资料汇编》的延续。出版时虽删去了捻、回和小刀会起事等资料，但汇编的若干精华得以保留。外人记载部分，除翻译了英国议会文书中有关太平天囯的史料外，更全文翻译编入了克拉克等人（P.Clarke & J.Gregory）编辑的《西方关于太平天国的报道》（Western Reports on the Taiping）一书。

2011年，在罗尔纲（1901—1997）诞辰110周年之际，《罗尔纲全集》由社会科学文献出版社出版，全书共22卷22册，计1055.3万字。其主体是太平天囯史研究的成果（约占15卷），计有《太平天国史纲》等26种。收入全集的这些著作，一般采用作者亲自修订过的最后版本。作者倾其一生精力、先后修订多次的《太平天国史》（原题作《太平天国史稿》）占了其中的3册。

罗尔纲的《太平天国史稿》，本有文白两种版本体系。1951年由开明书店出版的文言版《太平天国史稿》，有其自身的风格特色。如其叙述杨秀清伪称上帝降托显圣事的以下文字，即为后来的白话文本所未载，而其语言的魅力亦为后来的白话文本所不具备：

大概是格于体例吧，全集未收入这一文言文的《太平天国史稿》，这未尝不是一件憾事。

在“低潮期”举行的太平天囯史学术研讨会，多以中小型为主，不图场面的风光热闹，而求学术的实质进展。但2011年12月于洪秀全的故乡广州市花都区（原花县）举办的“纪念太平天囯起义160周年学术研讨会”，却是一空前的盛会。原本为农业小县的“天王故里”已发展成为现代化的广州副中心，成为广州经济发展最具活力的区域之一，因而完全有实力举办这次多达100余人的大型学术研讨会。与会的学者来自北京、上海、江苏、山东、河北、河南、安徽、四川、湖南、广西、广东11个省、自治区、直辖市。虽未打出国际学术讨论会的旗号，但也有日本、韩国学者应邀与会，并发表论文。会后出版的题为《太平天国与中国近代社会——纪念太平天国起义160周年学术研讨会论文集》共收入论文近80篇，计100万字。[※注]这些论文研究领域广泛，有不少跨学科的探讨，对太平天囯研究的广度和深度也有不同程度的推进。