通过“公投”决定台湾前途是民进党的一贯主张。为了给2004年的选举造势，陈水扁于2003年9月28日在民进党成立十七周年党庆会上第一次亮出“台独”时间表，声称要在2004年“完成历史性首次公投”，在2006年“催生台湾新宪法”，于2007年实施“新宪法”（后又称2008年5月20日正式实施）。在10月6日接受《华盛顿邮报》专访时，他重弹“一边一国”的老调，并称：“公民投票一定会落实，新宪法一定会诞生。台湾不是另一个国家的一个省或一个州。任何民主的改革是我们自己的内部事务。我不认为任何一个民主国家可以反对我们的民主理念。”[※注]他以实施民主、坚持改革为幌子，坚持他的“台独”理念，显示了前所未有的抗中拒美的强硬姿态。

陈水扁为了公投制宪似乎已经到了不顾一切的地步，美国政府不能不做出反应。10月7日，美国国务院发言人包润石在记者招待会上罕见地把陈水扁2000年5月20日的就职演说翻了出来，把“四不一没有”的承诺逐字逐句地念了一遍，指出这些承诺应予遵守。他重申美国坚持一个中国的政策，并要求两岸不要有升高紧张或阻碍对话的言行。[※注]

大陆方面严密注视着事态的发展。11月17日，国务院台湾事务办公室负责人就陈水扁当局通过“公投立法”、进行“台独”分裂活动发表措辞严厉的谈话指出，祖国大陆方面坚决反对陈水扁当局进行的这些分裂活动，一旦台湾通过不设限“公投法”，大陆将做出强烈反应。“‘台独’就意味着战争”。[※注]

为了向国际社会尤其是美国进一步表明中国政府的严正立场，2000年11月21日，即将访美的温家宝总理在中南海紫光阁接受美国《华盛顿邮报》总编辑唐尼专访，针对台湾“公投”问题表示，我们不放弃和平解决台湾问题的努力，但是对任何分裂祖国的挑衅行动，我们不会坐视不管。中国人民会不惜一切代价，维护祖国的统一。[※注]

11月27日，台湾“立法院”三读通过国、亲两党共同推出的“公投法草案”，民进党与“行政院”提出的“公投法草案”被否决。在“有关改宪和重大政策方面”，“适用范围”的条文删除了“变更中华民国的领土范围、国名和国旗”等内容；泛绿则在“防御性公投”上扳回一局，“公投法”第17条明定台湾遭受外力威胁、主权有变更之虞时，总统得直接经行政院会决议，将国安事项交付公民投票。

“公投法”的出台和台湾几个月来的事态发展引起布什政府高度关注。11月下旬，白宫和国务院发言人及高官频繁表态，重申一个中国的政策，反对陈水扁当局的“公投”企图。12月1日，鲍彻说，美国反对台湾举办任何会改变台湾地位或走向台湾“独立”的公民投票。12月4日，白宫发言人麦克莱伦重申美国反对两岸任何一方改变台海现状，这个说法包括反对大陆动武和台湾“独立”。[※注]

为了加强美国表态的力量，12月初，国家安全委员会负责亚太事务的资深主任莫健奉布什之命秘密访台，并带去布什亲笔信，明确反对可能挑衅大陆的“公投”，并再次表示反对单方面改变现状。[※注]但陈水扁固执己见，在公开场合一再鼓吹“公投”的必要性。至此，美台在台湾“公投”问题上的分歧公开化。

12月上旬，应美国总统布什的邀请，温家宝总理对美国进行了正式访问。台湾问题显然是两位领导人会谈的中心议题。12月9日华盛顿时间中午12时许，布什在白宫的记者招待会上表示反对海峡两岸任何一方单方面改变台海地区现状，严厉批评陈水扁说：“台湾领导人的言行表明，他可能做出决定单方面改变现状，对此我们是反对的。”[※注]布什的这一表态不能不说是对台湾的一种冲击。许多美国学者都感到，总统当着中国总理的面，这样直言不讳、不用任何外交辞令地批评陈水扁，确实表示了他对陈水扁的强烈不满。稍后，12月20日，布什在与胡锦涛主席通电话时又再次重申，美国不希望海峡两岸的任何一方企图片面改变现状。[※注]布什总统的这一表态可以说是美国对台湾政策的又一次调整。它表明，布什政府认识到陈水扁的“台独”分裂活动是对台湾海峡地区稳定的严重威胁，现在布什政府的政策重点是向台湾当局施加压力，是要把陈水扁管住，约束“台独”分裂势力的活动。

就在台湾选举前一天，3月19日，发生了神秘的“枪击案”。第二天，陈、吕仅以0.2%的微弱优势获胜，泛蓝不服，进行了持久的抗争。但陈水扁执意要搞的“公投”却马上有了结果：两个议题的投票率分别为45.17%和45.12%，均未过半，“公投”无效。

4月21日，众议院国际关系委员会举行纪念《与台湾关系法》25周年听证会，助理国务卿凯利出席作证，比较完整、全面地阐述了布什政府的对台湾政策。证词总的调子仍然是反对单方面改变现状。他强调，中国政府领导人不放弃对台湾使用武力，在台湾宣布“独立”时将采取军事行动；虽然美国对中国的这一立场持有强烈异议，“但我们和台湾领导人如果把这些声明看作是虚声恫吓那是不负责任的”，“我们敦促台湾人民也同样严肃地看待这些声明”。他进而说：“在我们看来，任何单方面走向独立不会使台湾得到比它现在已经享有的自由、自治、繁荣和安全更多的东西”，而大陆方面的反应“将可能摧毁许多台湾已经建立起来的东西”。证词要求陈水扁“实施负责任的、民主的和克制的领导，这是保证台湾的和平和繁荣的未来所必须的”。这段话传达的信息十分重要，说得直白一点就是，如果台湾领导人和民众要和平、要繁荣，那就不要搞“台独”；要搞“台独”，就会失去和平，失去繁荣。20多年来，还没有一位美国高官这样警告过台湾领导人。讲到台湾“修宪”时凯利说：“如果要美国支持，那么台湾的修改宪法就应该是有限度的。如果我们不知道限度何在，那么我们将不会予以支持。总统关于反对单方面改变现状的表态将在与台湾关于政治演进的对话中予以加强。”这就明白告诉台湾当局：不要乱来，否则别怪我们不客气。[※注]

在各方面的压力下，陈水扁在2004年5月20日的“就职演说”中又信誓旦旦地作了一些保证，诸如“涉及国家主权、领土及统独的议题，目前在台湾社会尚未形成绝大多数的共识，所以个人明确地建议这些议题不宜在此次宪改的范围之内”，“2000年5·20就职演说所揭橥的原则和承诺，过去四年没有改变，未来四年也不会改变”等等。但他向来是说话不算话的，在10月10日纪念“双十节”的讲话中他又说什么“中华民国的主权属于2300万台湾人民，中华民国就是台湾，台湾就是中华民国”等等，[※注]与他先前的保证显然相违背。

2005年底，台湾举行了23个县市长的选举。民进党事先扬言要赢得过半的县市长，但选举结果民进党却只得到了6个，许多原先由民进党掌权的县市都改变了颜色，台湾的政治版图大变。苏贞昌为此辞去党主席职务，陈水扁也一个星期闭门思过。但他不甘心民进党的这一失败，在2006年1月29日春节讲话中竟然提出要废除“国统会”和“国统纲领”，“以彰显台湾主体意识”，引起海峡两岸及美国震惊。布什政府立即向陈水扁表明，美国反对台湾当局“采取步骤加剧紧张或改变现状，而且持续向台北说明这一点”。[※注]2月中旬，国家安全委员会负责亚太事务的代理资深主任韦德宁和国务院官员访问了台湾，与陈水扁进行了长时间的会谈，要求陈放弃“废统”。在美国的压力下，陈修改了措辞，使用了“国统会终止运作”和“国统纲领终止适用”这样的说法，并于2月27日予以宣布。当日美国国务院副发言人埃尔利在新闻发布会上说，美国反对任何一方单方面改变现状，不支持“台湾独立”，美国将继续要求陈水扁遵守不改变现状的承诺。[※注]

本来陈水扁把“废除”改为“终止”只是为了糊弄美国，多少给美国一点面子。但得意忘形的“总统府秘书长”陈唐山和“国安会秘书长”邱义仁却又公开表示，“废除”与“终止存在”和“终止运作”没有什么区别。于是3月2日，国务院副发言人埃尔利就“终统”问题发表声明，“希望台湾当局公开纠正上述说法，毫不含糊地确认2月27日的举动没有废除国统会，没有改变现状，并确认其所作相关承诺依然有效”。声明还罕见地对陈水扁直呼其名，连个“先生”的称谓都不加，愤怒之情溢于言表。声明再次强调，“废除一项承诺就是改变现状”，“台湾信守承诺对于维持现状至关重要”。声明并在国务院网站上公开发表，这可以说是非常罕见的做法。[※注]

民进党原来准备在2006年9月28日建党20周年时提出“新宪法”草案。越是临近这个日子，陈水扁鼓吹“修宪”就越起劲。9月下旬，他频繁发表各种言论，9月24日，他讲到“修宪”要考虑领土问题。在次日的新闻发布会上，美国国务院发言人再次重申反对单方面改变现状，并表示：美国“非常严肃地看待”陈水扁“一再作出的关于宪改进程不涉及主权问题的承诺，主权应该包括领土的含义”； 陈水扁是否履行这一承诺“是对他的领导和对他是否有能力保卫台湾利益的一个考验”。[※注]