改革开放之初，一些学者就注意到当时普及小学教育存在的经费问题。早在1980年，就有学者主张国家应承担起普及教育的义务时，指出：“过去不大力拨款兴办小学，不认真培养合格的师资，在普及教育阶段收取学费，甚至每到缩减财政预算的时候，首先缩减教育经费，而不是按照列宁的教导，缩减其他部门的开支转用作教育经费。这种种做法都是不利于普及教育的。”[※注]

1985年开始全面普及九年义务教育以后，教育经费问题更加突出，引起了社会各界人士的关注和研究。如1986年第1期的《理论学刊》摘登的山东省委研究室王建宗、聂炳华和王杰恩的《普及九年制义务教育中的经费问题》一文简要地分析了我国当时存在以下一些义务教育经费问题：一是数额不足。认为当时尽管教育经费拨款逐年增加，但由于多年来欠账太多，加之落实知识分子政策、平反冤假错案以及提高教师工资、增加公办教师、民办教师转公办所需费用的增长大大超过了国拨教育经费的增长，因而教育经费仍然十分紧缺。如山东省文登县1985年需教育经费1900多万亿元，国拨经费只有700多万亿元，集资900多万亿元（相当于人均收入的2.5％），缺口300万亿元。二是比例失调。当时国拨经费增长的部分，几乎全部用于确保人员经费的增长，公用经费所占甚少。如按国家有关规定，农村中小学公用经费在全部经费中的比例不应低于36％，但当时山东济宁市中小学公用经费仅占10％，文登县1985年降至2.9％。若按人均占有公用经费的指标考察，问题更为严重。三是来源不稳。国拨经费严重不足，需要进行社会集资，当时山东省烟台市每年教育经费全靠集资[※注]。

浙江省人大常委会教科文卫工作委员会调查组1986年夏季通过对萧山、富阳、缙云三个县的实地调查，发现当时教育经费虽然有增长，“但由于底子薄，起点低，欠债多，基础教育的办学条件，特别是广大农村还相当困难。主要表现为经费的捉襟见肘和师资质低量缺，以及公用经费严重不足”。[※注]

尽管20世纪90年代义务教育经费问题很突出，但很少见到专门研究义务教育经费问题的成果，只是在一般研究教育经费问题涉及义务教育或中小学教育经费问题。

周贝隆对20世纪90年代教育经费存在的问题进行了具体分析，认为虽然从1980—1992年国家对教育的投入在逐年增加，但教育经费状况却空前恶化。第一，经费危机日益加剧。一是拖欠教师工资愈演愈烈，到1993年，除北京、西藏外，所有省、市、自治区都有拖欠。对204万“民办教师”（占全部553万小学专任教师的1/3），政府只给为数甚少的生活补贴。二是各级学校预算内公用经费的比重（除人员经费以外的办学经费）降至1978年来的最低点，中、小学分别由1978年的37.4％和25.3％下降到1992年的18.6％和12.0％。1978年前已经不敷应用，缺乏必备的教学设备和图书。到1992年，各种教学必要设备更是严重缺乏，办学条件日益恶化。第二，高入学率和低投入有强烈反差。认为我国已经基本普及小学教育，我国的青少年和成人文盲率都比印度等发展中国家低得多，甚至比巴西等中等收入的国家低。但我国教育经费占GNP的比重却从1985年的2.5％降到1991年和1992年的2.3％，远低于发展中国家3％—4％的水平。第三，生均经费指数（生均经费与人均GNP之比）低于世界水平。如1988年的小学生均经费指数方面，高收入和中等以上收入国家为0.17，中等收入国家为0.13，中国以外低收入国家为0.12，而我国为0.05，我国1992年为0.06[※注]。

在20世纪90年代，中央曾经提出“以县为主”来筹措教育经费，但很多地方政府执行不力，以至于很多地方的农村特别是乡、村义务教育学校或中小学的经费仍旧非常困难。因此，当时有一些学者对农村教育包括农村义务教育经费的困难状况进行了专门研究。如马戎对全国1092个县（县级市）的人均教育经费支出进行了分析，发现93.2％的县在200元以下，40％的县不足100元，甚至有93个县在50元以下。这与1975年美国人均教育经费1583美元，日本1189美元相比，差距触目惊心。再从农村小学生均教育经费来看，上海最高，达1682元。贵州最低，仅有207元，相差8倍，不足400元的还有甘肃、陕西、江西、河南、河北、湖北六省。通过各种数据的分析，他得出的主要结论是，在教育经费的支出中，中央财政只占不到10％，其他都由地方负担。教育经费占国民生产总值的比例明显低于世界绝大多数国家；我国自1985年在教育经费投入方面进行责权下放特别是在农村地区把教育经费筹措部分责权下放到乡镇和村的改革，事实证明在贫困地区产生了消极后果，导致地区差异迅速扩大等[※注]。

方铭琳、高子兰认为：“实施义务教育14年来，农村地区义务教育的办学责任和负担完全落在县、乡、村三级政府。中央和省级政府的经费筹措能力相对最强，但承担义务教育的责任却最小。这种能力与责任不一致，义务教育经费负担不合理的状况，直接导致农村义务教育的问题越来越突出。”认为农村义务教育面临的与经费密切相关的困难和问题有以下一些：一是教师工资拖欠现象比较普遍而且越来越严重，如有一个县除县直、完中外，兑现得最好的也只发到1999年8月，其中五六个乡镇是贷款发的，截至1999年12月，此县尚拖欠教师工资740万元，其中1998年180多万元，1999年560多万元。二是地方学校因经费投入不到位已到了无法正常运转的艰难境地。自1999年实行综合财政以后，在一些地方，农村教育经费附加放在统筹中收取，成立一笔糊涂账。学校收的杂费、包括代收代支项目，也全部进了乡财政的笼子。但在经费使用上，教育的钱并没有按规定用到教育上。而学校即使买一盒粉笔，也要先报主要领导审批后才能拿到钱。三是现行管理体制已严重不适应教育改革和发展的需要。当时政府实行“财政包干，分灶吃饭”，农村一些量大易收税种都被国家拿走了，乡镇一级财力十分薄弱。如某县某乡全部干部教师工资要66万元，而1999年乡财政可用财力只有49万元。就是说，乡财政无论如何努力，也难以保证干部教师工资足额发放。此外，校长的任免、教师的管理、当时是谁付工资谁说了算。因此，当时的教育人事管理改革，学校布局调整等，都由于当时的体制而无法进行[※注]。

除了当时一般农村义务教育经费存在很大的困难外，在一些国家重点扶持的少数民族地区，也存在各种教育经费问题。有学者指出，义务教育阶段重心过低的经费投资体制不利于少数民族地区教育的发展。虽然有各种支持少数民族地区教育发展的专项资金，但不能从根本上解决少数民族教育经费长期短缺的问题。存在的具体问题是政策性专项基金很少到位，挤占挪用的现象十分严重，当地政府的配套资金难以到位等[※注]。

21世纪以来，我国学术界更加关注义务教育经费问题。仅《中国期刊全文数据库》就收录了近年来专门论述义务教育经费问题的文章51篇，这是20世纪八九十年代的10倍多。此外，还有出版了一些关于义务教育经费或财政的专著，对我国久拖未决的义务教育经费问题也有比较深入的研究。具体地说，以2006年国家实行新的义务教育经费保障机制为界，人们对义务教育经费问题的分析有所不同。

2006年前，由于农村义务教育经费体制还没有得到较好解决，当时义务教育经费仍旧存在许多问题，这引起了学术界的广泛关注。如王磊指出我国义务教育经费存在以下一些主要问题：第一，投入总量不足。一是教师工资不能按时发放。截至2000年4月，全国有22个省、自治区和直辖市拖欠教师工资76.8亿元，拖欠时间最长的超过一年。二是办学条件得不到保障。三是农村地区实行税费改革使义务教育投入面临更大短缺。如安徽省怀远县2000年投入总量比1998年改革前的减少2482万元，降低了30％。四是义务教育经费缺口数额较大。如最保守的估算二三片区1999年也缺少义务教育经费340亿元，占当年这些地区义务教育经费总支出的24％。第二，义务教育负担结构不合理。如全国义务教育投入占全国教育总投入的比例始终低于60％，而农村义务教育投入占总投入比重还不足30％。而在义务教育经费总量中，政府财政预算内拨款所占比重维持在50％—60％之间，剩下经费要通过捐、集资、摊派、教育附加和学杂费等形式，由农民和受教育者负担。在政府所负担的义务教育经费中，中央和省级政府负担太少，绝大部分义务教育财政拨款都来自于县以下地方政府。如1999年河北省预算内义务教育经费支出中，中央支出占1.5％，省约占1.2％。国家发展中心对26个县的抽样调查中，义务教育经费总支出（含预算外经费）中各级财政的专项补助约占12％，县财政约占9.8％，其余78.2％由乡村负担。第三，义务教育经费投入在区域间和城乡间严重不平衡。一是城乡间不平衡，预算内公用经费，城镇小学、初中都要比农村高出1倍左右；二是义务教育投入区域差异巨大。如2000年小学、初中生均预算内公用经费的基尼系数都超过0.5[※注]。

我国从2006年开始，实行了新的义务教育经费保障机制，分地区分别不同程度地加大了中央和省承担义务教育经费的责任。但是，新机制实行以后，义务教育经费仍旧存在一些问题，有些学者对此进行了研究。如薛海平、丁延庆利用中国教育财政科学研究所2007年所作的“农村义务教育经费保障机制改革”调查数据对我国中东部农村义务教育“新机制”实施效果及存在问题进行了研究，认为新机制带来了农村公办中小学收入来源构成发生有利的变化，如中心小学专项基建和大型维修拨款数明显增长，杂费补助款大幅增长、贫困寄宿生生活费补助款大幅增长、收取的杂费数大幅下降，人员经费支出有所下降、公用经费数略有增长、项目支出增长十分明显。但仍旧存在一些问题：学校特别是村小的免费拨款到位较差、公用经费特别是村小公用经费拨款到位较差、有部分学校的贫困生生活补助费未到位。约有45％的学校没有实行免除学杂费政策，有30.5％的学生还在上交杂费。此外，部分学校教师工资保障水平没有提高，基本建设费仍旧很少特别是村小和乡镇初中的基建与维修费明显减少[※注]。

邬志辉等以具体翔实的数据说明农村义务教育经费近年来仍旧存在的一些问题：第一，义务教育转移支付存在问题。资金紧张状况虽然得到缓解，但转移支付的规模仍难以满足需求，以至于留下了乱收费的缺口，教师工资难以保障，没有缩小地区间义务教育经费差距；基层对预算管理认识不深，没有明确制定相关制度，资金拨付无常规性，学校对经费收支的随意性；一些地区的转移支付形式不切合实际，导致县级财政不堪重负；转移支付中间环节多，资金难以足额、及时到位。第二，教师工资问题。如拖欠教师工资屡禁不止，没有得到根本解决；以前拖欠的教师工资没有得到及时清理；城乡间教师工资差距大；代课教师工资待遇低。第三，公用经费存在一些问题：公用经费标准总体偏低；缺少全国性的公用经费标准；公用经费制度管理缺陷抑制了学校管理者自主性；公用经费拨款方式造成小型学校不能正常运转。第四，农村中小学校舍改造维修存在问题：资金不稳，主要靠农民集资，故资金缺口大，拖欠工程款现象或学校负债现象突出；在资金使用方面存在滞拨、挪用、浪费现象，管理混乱；基建工程管理混乱，存在暗箱操作；危房改造任务十分艰巨。第五，“两免一补”面临困境。学生失辍学现象依然严重；没有消除不公平现象；部分地区“一补”落实难度大，资助对象存在失真现象，而部分贫困生未能享受补助政策。第六，全国较大范围存在农村“普九”债务问题。第七，义务教育乱收费没有得到根本遏制[※注]。